PDB-2ns0: Crystal structure of protein RHA04536 from Rhodococcus sp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ns0

タイトル

Crystal structure of protein RHA04536 from Rhodococcus sp

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Rhodococcus Structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Protein of unknown function DUF3253 / Protein of unknown function (DUF3253) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.005 Å

データ登録者

Chang, C. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of protein RHA04536 from Rhodococcus sp
著者: Chang, C. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ns0.cif.gz	31.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ns0.ent.gz	21.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ns0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ns0_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ns0_full_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示
XML形式データ	2ns0_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	2ns0_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2ns0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2ns0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2h3l-2 6vgj-2 3pa6-1 6r11-1 1nzl-1 3ago-d 6w3g-2 3k0x-d 3jqx-1 1x45-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6189

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

9.58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.683, 53.165, 90.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 9422.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q0S2K3
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG3350 25% , Bis-Tris 0.1M pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97907, 0.97921

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月21日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97907	1
2	0.97921	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 6163 / Num. obs: 6142 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 33.36

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / Num. unique all: 479 / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.005→45.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.483 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2159	279	4.5 %	RANDOM
R_work	0.18878	-	-	-
all	0.19016	5862	-	-
obs	0.19016	5862	96.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.005→45.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	651	0	10	87	748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	692
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.682	1.984	939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.655	5	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.694	21.515	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.536	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.3	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.29	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.99	1.5	455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.394	2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.933	3	266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.778	4.5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.005→2.057 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	16	-
R_work	0.167	323	-
obs	-	-	72.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8123	-0.8059	-3.0249	1.3988	0.3212	4.1179	-0.0729	0.1753	-0.1311	-0.0733	0.0086	-0.0328	-0.0176	-0.0242	0.0642	-0.0827	-0.0127	-0.0054	-0.0724	-0.0052	-0.0774	31.993	43.537	34.832
2	0.6697	0.7078	1.0054	1.2597	0.5016	3.1555	0.041	-0.0176	-0.1221	-0.2751	-0.0127	0.13	0.1445	-0.2816	-0.0284	-0.0591	0.0046	0.0028	0.0133	-0.0188	-0.0535	27.869	37.812	30.283
3	0.703	-0.4518	-0.3527	0.4382	0.0664	0.3509	-0.0898	-0.0204	-0.1284	-0.0205	0.0251	0.0602	0.0522	0.0159	0.0646	-0.0608	-0.0081	0.0058	-0.0744	-0.0011	-0.0383	28.353	35.169	43.774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 27	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	28 - 56	28 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	57 - 85	57 - 85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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