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- PDB-2nqp: Crystal structure of pseudoudirinde synthase TruA in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nqp
タイトルCrystal structure of pseudoudirinde synthase TruA in complex with leucyl tRNA
要素
  • tRNA pseudouridine synthase A
  • transfer RNA
キーワードISOMERASE/RNA / pseudouridine synthase / anticodon stem loop / tRNA / multisite specificity / ISOMERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine38-40 synthase / tRNA pseudouridine(38-40) synthase activity / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase I, catalytic domain, C-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, TruA / Pseudouridine synthase I, TruA, C-terminal / Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain / tRNA pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / tRNA pseudouridine synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hur, S. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: How U38, 39, and 40 of Many tRNAs Become the Targets for Pseudouridylation by TruA.
著者: Hur, S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2006年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: transfer RNA
A: tRNA pseudouridine synthase A
B: tRNA pseudouridine synthase A
C: tRNA pseudouridine synthase A
D: tRNA pseudouridine synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,07711
ポリマ－149,8425
非ポリマー2356
水00
1
F: transfer RNA
C: tRNA pseudouridine synthase A
D: tRNA pseudouridine synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1949
ポリマ－88,9593
非ポリマー2356
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: tRNA pseudouridine synthase A
B: tRNA pseudouridine synthase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8832
ポリマ－60,8832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.278, 128.585, 159.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Molecules of id A, B form a biological assembly unit of dimeric TruA. Molecules of id C, D and F form a biological assembly unit (C and D form a dimeric TruA enzyme and F is the substrate tRNA bound to the enzyme).

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要素

#1: RNA鎖 transfer RNA


分子量: 28075.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Occurs naturally in E. coli. tRNA is obtained by in vitro transcription.
参照: GenBank: 174437
#2: タンパク質
tRNA pseudouridine synthase A / tRNA-uridine isomerase I / tRNA pseudouridylate synthase I / PSU-I


分子量: 30441.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: truA / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P07649, tRNA pseudouridine38-40 synthase
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M K3 Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2K3 Citrate11
3H2O11
4PEG 335012
5K3 Citrate12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月23日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 25523 / Num. obs: 25523 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.236 / Net I/σ(I): 6.99
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Rsym value: 0.722 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.837 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.797 / SU B: 31.577 / SU ML: 0.501 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.694 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27912 2384 10 %RANDOM
Rwork0.24601 ---
obs0.24936 21541 94.09 %-
all-21541 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8318 1441 6 0 9765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02110103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2412.11814080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.04651050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6822.592409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.62151295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3991578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2770.25149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3350.26923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.140.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0450.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3151.55265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42828473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65334838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6974.55607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.588 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 178 -
Rwork0.293 1404 -
obs--86.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.40254.3001-4.39921.9666-2.01192.05832.3087-3.47012.4214-1.3341-1.0997-0.0339-0.21122.6433-1.209-0.6842-0.2431-0.05110.8427-0.72941.1413-1.7309-40.864416.8144
25.50715.12652.16045.99123.68373.14270.54710.08670.8314-0.03180.3566-0.15570.0705-0.0678-0.9037-0.0978-0.03460.0316-0.1194-0.05550.0454-22.4499-38.738419.6135
39.45850.79762.99230.61790.38450.97840.2521-0.26960.12780.2560.0903-0.20910.3509-0.5243-0.3423-0.3149-0.10550.09280.0047-0.06190.1563-35.8109-25.649426.8037
417.380516.2064-8.68915.1117-8.10214.34390.18153.220.5861-0.60990.48684.709-2.8809-1.6243-0.66821.31920.53030.14610.47240.17140.5749-23.6234-26.32295.4124
58.80172.5832-3.47266.66736.186210.1560.03680.53580.43610.02430.8224-0.32170.53890.741-0.8592-0.2495-0.0164-0.0659-0.0624-0.16170.0471-11.8783-43.84192.7412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1FA3 - 73 - 7
2X-RAY DIFFRACTION1FA66 - 7077 - 81
3X-RAY DIFFRACTION2FA8 - 158 - 15
4X-RAY DIFFRACTION2FA20 - 2520 - 26
5X-RAY DIFFRACTION3FA26 - 4727 - 58
6X-RAY DIFFRACTION5FA48 - 6559 - 76
7X-RAY DIFFRACTION5FA16 - 2016 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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