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万見
- PDB-2nq2: An inward-facing conformation of a putative metal-chelate type AB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nq2
タイトルAn inward-facing conformation of a putative metal-chelate type ABC transporter.
要素
  • Hypothetical ABC transporter ATP-binding protein HI1470
  • Hypothetical ABC transporter permease protein HI1471
キーワードMETAL TRANSPORT / putative iron chelatin ABC transporter / ATP-binding protein / nucleotide binding domain / transmembrane domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type molybdate transporter / ABC-type molybdate transporter activity / siderophore-dependent iron import into cell / plasma membrane => GO:0005886 / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, permease protein, BtuC-like / FecCD transport family / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, permease protein, BtuC-like / FecCD transport family / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdate import system permease protein MolB / Molybdate import ATP-binding protein MolC
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pinkett, H.P. / Lee, A.T. / Lum, P. / Locher, K.P. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: An inward-facing conformation of a putative metal-chelate-type ABC transporter.
著者: Pinkett, H.W. / Lee, A.T. / Lum, P. / Locher, K.P. / Rees, D.C.
履歴
登録2006年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical ABC transporter permease protein HI1471
C: Hypothetical ABC transporter ATP-binding protein HI1470
B: Hypothetical ABC transporter permease protein HI1471
D: Hypothetical ABC transporter ATP-binding protein HI1470


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,2014
ポリマ－130,2014
非ポリマー00
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10970 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area44500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.846, 142.465, 150.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical ABC transporter permease protein HI1471


分子量: 36553.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: KW20 Rd / 遺伝子: HI_1471 / プラスミド: pET19b/pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/B834(DE3) / 参照: UniProt: Q57130
#2: タンパク質 Hypothetical ABC transporter ATP-binding protein HI1470


分子量: 28546.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: KW20 Rd / 遺伝子: HI_1470 / プラスミド: pET19b/pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/B834(DE3) / 参照: UniProt: Q57399
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 34% pentaerythritol propoxylate, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, 0.2M potassium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)波長
シンクロトロンSSRL BL9-210.97925, 0.89194, 0.97927
シンクロトロンSSRL BL9-220.97927
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月16日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal monochromatorMADMx-ray1
2Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979251
20.891941
30.979271
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 82485 / Num. obs: 82020 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 14.1 % / Num. unique all: 11759 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→28 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Water molecules positioned in the membrane spanning region likely correspond to density from disordered detergents and possibly associated phospholipids.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 8214 9.8 %RANDOM
Rwork0.2224 ---
all-81824 --
obs-81106 98.9 %-
溶媒の処理Bsol: 50.067 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 51.093 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.304 Å20 Å20 Å2
2---4.449 Å20 Å2
3----0.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8569 0 0 682 9251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.185
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 /
Rfactor反射数
Rfree0.302 1297
Rwork0.249 -
obs-11759
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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