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万見
- PDB-2npy: Crystal Structure of a junctioned hairpin ribozyme incorporating ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2npy
タイトルCrystal Structure of a junctioned hairpin ribozyme incorporating 9atom linker and 2'-deoxy 2'-amino U at A-1
要素
  • 5'-R(*CP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*G)-3'
  • 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*CP*CP*(U2N)P*GP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*G)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA / HAIRPIN RIBOZYME / MUTATION / S-TURN / E-LOOP / RIBOSE ZIPPER / CATALYTIC RNA / 2'-deoxy 2'-amino / 9S linker
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / Chem-S9L / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者MacElrevey, C. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: A posteriori design of crystal contacts to improve the X-ray diffraction properties of a small RNA enzyme.
著者: MacElrevey, C. / Spitale, R.C. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2006年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Structure summary
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*(U2N)P*GP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'
D: 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9176
ポリマ－19,5264
非ポリマー3912
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.290, 94.290, 131.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*CP*CP*(U2N)P*GP*UP*CP*CP*AP*CP*CP*G)-3'


分子量: 4028.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence occurs naturally in satellite RNA tobacco ringspot virus
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3970.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence occurs naturally in satellite RNA tobacco ringspot virus
#3: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*A)-3'


分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / Fragment: S-TURN STRAND / Mutation: U39C / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence occurs naturally in satellite RNA tobacco ringspot virus
#4: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*GP*UP*GP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*UP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence occurs naturally in satellite RNA tobacco ringspot virus

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非ポリマー , 3種, 16分子

#5: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#6: 化合物 ChemComp-S9L / 2-[2-(2-HYDROXYETHOXY)ETHOXY]ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 230.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O7P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 2000 MME, lithium sulfate, cacodylate, spermidine, cobalt hexaamine, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate11
2spermidine11
3cobalt hexaamine11
4lithium sulfate11
5PEG 2000 MME11
6PEG 2000 MME12
7cacodylate12
8cobalt hexaamine12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月31日
詳細: bent triangular asymmetric cut SI (111) (horizontal), RH coated SI mirror (vertical)
放射モノクロメーター: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→38.98 Å / Num. all: 10537 / Num. obs: 10389 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 84 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 16.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 1006 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1ZFR

1zfr
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.65→30.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 644495.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 640 6.2 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 10378 98.4 %-
all-10537 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9902 Å2 / ksol: 0.308956 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 78.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.84 Å2-4.13 Å20 Å2
2---7.84 Å20 Å2
3---15.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→30.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1295 20 14 1329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.69
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 152 6 %
Rwork0.369 2396 -
obs-2396 99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1water_rep.paramdna-rnas9.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rnacm_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3cobalt.parcobalt.top
X-RAY DIFFRACTION4&_1_PARAMETER_INFILE_4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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