[日本語] English
万見
- PDB-2nnw: Alternative conformations of Nop56/58-fibrillarin complex and imp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nnw
タイトルAlternative conformations of Nop56/58-fibrillarin complex and implication for induced-fit assenly of box C/D RNPs
要素
  • Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
  • NOP5/NOP56 related protein
キーワードTRANSFERASE / box C/D
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #220 / Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #220 / Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Vaccinia Virus protein VP39 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NOP5/NOP56 related protein / Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Oruganti, S. / Zhang, Y. / Terns, R. / Terns, M.P. / Li, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs.
著者: Oruganti, S. / Zhang, Y. / Li, H. / Robinson, H. / Terns, M.P. / Terns, R.M. / Yang, W. / Li, H.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NOP5/NOP56 related protein
B: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
C: NOP5/NOP56 related protein
D: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5544
ポリマ－140,5544
非ポリマー00
水00
1
A: NOP5/NOP56 related protein
B: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

A: NOP5/NOP56 related protein
B: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5544
ポリマ－140,5544
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_775-y+2,-x+2,-z+2/31
Buried area11220 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area49270 Å2
手法PISA, PQS
2
C: NOP5/NOP56 related protein
D: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

C: NOP5/NOP56 related protein
D: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5544
ポリマ－140,5544
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_576x,x-y+2,-z+11
Buried area11320 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area49270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.712, 120.712, 297.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
詳細The second part is generated by CNS

-
要素

#1: タンパク質 NOP5/NOP56 related protein


分子量: 43516.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U4M1
#2: タンパク質 Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase


分子量: 26760.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: flpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8U4M2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.38 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.33 Å / Num. obs: 68534 / Rsym value: 0.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→49.33 Å
Rfactor反射数
Rfree0.2652 3233
Rwork0.2341 -
all-68544
obs-64131
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9336 0 0 0 9336

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る