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万見
- PDB-2nnt: General structural motifs of amyloid protofilaments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nnt
タイトルGeneral structural motifs of amyloid protofilaments
要素Transcription elongation regulator 1
キーワードPROTEIN FIBRIL / fibre / beta-hairpin / FBP28 protofilament / CA150 second WW domain
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation factor activity / RNA polymerase binding / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / mRNA processing / transcription corepressor activity ...transcription elongation factor activity / RNA polymerase binding / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / mRNA processing / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear speck / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation regulator 1-like / TCERG1 WW domain / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily ...Transcription elongation regulator 1-like / TCERG1 WW domain / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Ferguson, N. / Becker, J. / Tidow, H. / Tremmel, S. / Sharpe, T.D. / Krause, G. / Flinders, J. / Petrovich, M. / Berriman, J. / Oschkinat, H. / Fersht, A.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: General structural motifs of amyloid protofilaments.
著者: Ferguson, N. / Becker, J. / Tidow, H. / Tremmel, S. / Sharpe, T.D. / Krause, G. / Flinders, J. / Petrovich, M. / Berriman, J. / Oschkinat, H. / Fersht, A.R.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation regulator 1
B: Transcription elongation regulator 1
C: Transcription elongation regulator 1
D: Transcription elongation regulator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4964
ポリマ－18,4964
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Transcription elongation regulator 1 / TATA box-binding protein- associated factor 2S / Transcription factor CA150


分子量: 4624.035 Da / 分子数: 4 / 断片: second WW domain / 変異: Y446F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCERG1, CA150, TAF2S / プラスミド: pGAT2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14776

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111MAS CP-PDSD
221MAS CP-PDSD
331MAS CP-PDSD
441MAS CP-PDSD
NMR実験の詳細Text: 4mm and 3.2mm triple resonance MAS probes were used and spinning of 10.5 kHz was applied.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1uniform 13C,15N labeling, 15 mg fibre in phosphate bufferphosphate buffer
2uniform 2H,13C,15N labeling, 15 mg fibre in phosphate bufferphosphate buffer
3uniform 15N labeling, 13C labeling is based on 1,3[13C]-glycerol as carbon source for the bacteria, 15 mg fibre in phosphate bufferphosphate buffer
4uniform 15N labeling, 13C labeling is based on 2[13C]-glycerol as carbon source for the bacteria, 15 mg fibre in phosphate bufferphosphate buffer
試料状態pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 285 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Brukercollection
Sparky3.1Goddard, T.D., Kneller, D.G.データ解析
Amber7Case, D.A. et al.構造決定
Amber7Case, D.A. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: simulated annealing was performed with 25 MAS-NMR derived long range distance constraints and hydrogend bond constraints between the beta strands of 6 repeat units of the protofilament. ...詳細: simulated annealing was performed with 25 MAS-NMR derived long range distance constraints and hydrogend bond constraints between the beta strands of 6 repeat units of the protofilament. Conformer (residues 0-30; 0=M of the N-terminal GSM tag) of lowest energy of the four inner repeat units was subjected to a 1 ns molecular dynamics simulation in water. To distinguish the residues per repeat unit, for annotation an initial digid as hundred is added , such as A: 200-230, B: 300-330, C: 400-430, D: 500-530)
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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