PDB-2nnr: Crystal structure of chagasin, cysteine protease inhibitor from T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nnr

タイトル

Crystal structure of chagasin, cysteine protease inhibitor from Trypanosoma cruzi

要素

Chagasin

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / chagasin / deformed jelly roll / predominately beta structure

機能・相同性

機能・相同性情報

ciliary pocket / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cytoplasmic vesicle / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Redzynia, I. / Bujacz, G. / Ljunggren, A. / Jaskolski, M. / Abrahamson, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the parasite protease inhibitor chagasin in complex with a host target cysteine protease
著者: Ljunggren, A. / Redzynia, I. / Alvarez-Fernandez, M. / Abrahamson, M. / Mort, J.S. / Krupa, J.C. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.

履歴

登録	2006年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nnr.cif.gz	62.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nnr.ent.gz	46.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nnr_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nnr_full_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示
XML形式データ	2nnr_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	2nnr_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/2nnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/2nnr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nqdC 2fo8 2h7w C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kkn-d 1hij-d 2mmp-d 2b91-d 1xtn-1 2ar5-d 2v4x-d 4ku8-3 4nem-d 6mnt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chagasin

B: Chagasin

ヘテロ分子

24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chagasin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chagasin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.546, 49.546, 187.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-3040- HOH
2	1	B-3048- HOH
3	1	B-3073- HOH

#1: タンパク質	Chagasin / cysteine protease inhibitor 分子量: 12054.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q966X9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.5M Lithium Sulfate, 0.1M Hepes pH 8.5, protein concentration 8 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	X11	1	0.8123
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	BW7A	2	0.9792, 0.9797, 0.9763

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR CCD 165 mm	1	CCD	2005年1月25日
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2005年10月18日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SI (111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SI (111)	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8123	1
2	0.9792	1
3	0.9797	1
4	0.9763	1

Reflection

Av σ(I) over netI: 8.9 / 数: 61951 / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.24 / D res high: 2.8 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 6796 / % possible obs: 100 / 冗長度: 9.1 %

ID
1
2
3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.03	40	99.7	1	0.055	1.782	9.2
4.79	6.03	100	1	0.074	1.649	9.4
4.18	4.79	100	1	0.072	1.503	9.4
3.8	4.18	100	1	0.088	1.325	9.2
3.53	3.8	100	1	0.109	1.183	9.4
3.32	3.53	100	1	0.139	1.107	9.3
3.15	3.32	100	1	0.213	0.978	9.4
3.02	3.15	100	1	0.316	0.893	9.2
2.9	3.02	100	1	0.445	0.85	9.2
2.8	2.9	99.9	1	0.607	1.033	7.4
6.03	40	99.7	2	0.055	1.782	9.2
4.79	6.03	100	2	0.074	1.649	9.4
4.18	4.79	100	2	0.072	1.503	9.4
3.8	4.18	100	2	0.088	1.325	9.2
3.53	3.8	100	2	0.109	1.183	9.4
3.32	3.53	100	2	0.139	1.107	9.3
3.15	3.32	100	2	0.213	0.978	9.4
3.02	3.15	100	2	0.316	0.893	9.2
2.9	3.02	100	2	0.445	0.85	9.2
2.8	2.9	99.9	2	0.607	1.033	7.4
6.03	40	99.7	3	0.055	1.782	9.2
4.79	6.03	100	3	0.074	1.649	9.4
4.18	4.79	100	3	0.072	1.503	9.4
3.8	4.18	100	3	0.088	1.325	9.2
3.53	3.8	100	3	0.109	1.183	9.4
3.32	3.53	100	3	0.139	1.107	9.3
3.15	3.32	100	3	0.213	0.978	9.4
3.02	3.15	100	3	0.316	0.893	9.2
2.9	3.02	100	3	0.445	0.85	9.2
2.8	2.9	99.9	3	0.607	1.033	7.4

反射

解像度: 1.7→62.5 Å / Num. all: 29552 / Num. obs: 29434 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.888 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Χ²: 0.925 / Net I/σ(I): 38.3

反射シェル

解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1435 / Χ²: 0.645 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	1218	4.1 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
all	0.188	29559	-	-
obs	0.187	29404	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0.46 Å²	0 Å²
2-	-	0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1702	0	48	195	1945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.947	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.469	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.127	24.321	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.302	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.273	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.999	1.5	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.525	2	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.364	3	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.543	4.5	702

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	98	-
R_work	0.204	1958	-
obs	-	2056	97.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5419	-0.8051	0.1441	6.5186	0.3639	0.3206	-0.0636	-0.0521	-0.5222	0.3241	0.0198	0.896	0.0978	-0.1826	0.0438	-0.0344	0.0984	0.0992	-0.0868	0.0461	0.1079	6.368	23.0273	12.4966
2	1.5862	-0.0033	-0.5769	4.442	-1.0548	2.0003	-0.0502	0.0122	-0.411	0.036	0.0299	0.2184	0.1971	0.028	0.0203	-0.066	0.1259	0.0309	-0.1121	0.0293	-0.0304	16.7873	19.9717	10.0159
3	0.4897	-1.0034	-1.3205	6.3379	4.2179	4.0948	0.2009	-0.1376	0.2613	0.2886	0.113	-0.4938	-0.0371	0.3868	-0.3139	-0.0217	0.0436	0.014	-0.0185	-0.0735	-0.0599	41.0729	8.8745	21.4188
4	0.9158	1.9225	1.6316	4.0974	3.0447	5.2585	0.1943	-0.1801	0.3084	-0.1733	-0.4136	0.4143	-0.4992	-0.2332	0.2193	-0.0201	0.0903	0.0553	-0.0657	-0.0778	-0.0365	31.2424	13.1198	18.7907

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 7	2 - 7
2	1	A	A	19 - 32	19 - 32
3	1	A	A	50 - 80	50 - 80
4	2	A	A	8 - 18	8 - 18
5	2	A	A	33 - 49	33 - 49
6	2	A	A	81 - 110	81 - 110
7	3	B	B	2 - 7	2 - 7
8	3	B	B	19 - 32	19 - 32
9	3	B	B	50 - 80	50 - 80
10	4	B	B	8 - 18	8 - 18
11	4	B	B	33 - 49	33 - 49
12	4	B	B	81 - 110	81 - 110

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関連情報:EMDBヘッダ

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