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万見
- PDB-2nnq: Crystal structure of human adipocyte fatty acid binding protein i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nnq
タイトルCrystal structure of human adipocyte fatty acid binding protein in complex with ((2'-(5-ethyl-3,4-diphenyl-1H-pyrazol-1-yl)-3-biphenylyl)oxy)acetic acid
要素Fatty acid-binding protein, adipocyte
キーワードLIPID TRANSPORT / TRANSPORT / LIPID-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T4B / Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jacobson, B.L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Potent and selective biphenyl azole inhibitors of adipocyte fatty acid binding protein (aFABP).
著者: Sulsky, R. / Magnin, D.R. / Huang, Y. / Simpkins, L. / Taunk, P. / Patel, M. / Zhu, Y. / Stouch, T.R. / Bassolino-Klimas, D. / Parker, R. / Harrity, T. / Stoffel, R. / Taylor, D.S. / Lavoie, ...著者: Sulsky, R. / Magnin, D.R. / Huang, Y. / Simpkins, L. / Taunk, P. / Patel, M. / Zhu, Y. / Stouch, T.R. / Bassolino-Klimas, D. / Parker, R. / Harrity, T. / Stoffel, R. / Taylor, D.S. / Lavoie, T.B. / Kish, K. / Jacobson, B.L. / Sheriff, S. / Adam, L.P. / Ewing, W.R. / Robl, J.A.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月20日Group: Data collection
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2754
ポリマ－14,6091
非ポリマー6673
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.620, 53.930, 74.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, adipocyte / AFABP / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / A-FABP


分子量: 14608.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-T4B / ((2'-(5-ETHYL-3,4-DIPHENYL-1H-PYRAZOL-1-YL)-3-BIPHENYLYL)OXY)ACETIC ACID / BMS-309403


分子量: 474.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H26N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: ~70% saturated ammonium sulfate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年4月22日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→99 Å / Num. obs: 12558 / % possible obs: 78.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.77→1.91 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 64.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX2005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AP2

解像度: 1.8→5.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2022639.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1032 10 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.193 10359 84.1 %-
all-10359 --
溶媒の処理Bsol: 73.1434 Å2 / ksol: 0.564375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.58 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3----1.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→5.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1014 0 46 152 1212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.51
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.532.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 95 9.6 %
Rwork0.236 890 -
obs--64.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4T4B.PART4B.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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