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- PDB-2nnl: Binding of two substrate analogue molecules to dihydroflavonol-4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nnl
タイトルBinding of two substrate analogue molecules to dihydroflavonol-4-reductase alters the functional geometry of the catalytic site
要素Dihydroflavonol 4-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroflavanol 4-reductase activity / flavanone 4-reductase activity / dihydroflavonol 4-reductase / flavanone 4-reductase / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / flavonoid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ERD / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydroflavonol 4-reductase / Flavanone 4-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Petit, P. / Langlois D'Estaintot, B. / Granier, T. / Gallois, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Binding of two substrate analogue molecules to dihydroflavonol-4-reductase alters the functional geometry of the catalytic site
著者: Petit, P. / Langlois D'Estaintot, B. / Granier, T. / Gallois, B.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Dihydroflavonol 4-reductase
F: Dihydroflavonol 4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4526
ポリマ－75,3892
非ポリマー2,0634
水10,052558
1
D: Dihydroflavonol 4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7263
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,0322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Dihydroflavonol 4-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7263
ポリマ－37,6941
非ポリマー1,0322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.825, 90.143, 93.297
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21F
12D
22F
13D
23F
14D
24F
15D
25F
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUILEILEDA6 - 1106 - 110
21GLUGLUILEILEFB6 - 1106 - 110
12GLYGLYTYRTYRDA130 - 177130 - 177
22GLYGLYTYRTYRFB130 - 177130 - 177
13ASPASPLEULEUDA184 - 261184 - 261
23ASPASPLEULEUFB184 - 261184 - 261
14TYRTYRHISHISDA271 - 329271 - 329
24TYRTYRHISHISFB271 - 329271 - 329
15NAPNAPNAPNAPDC1330
25NAPNAPNAPNAPFE2330
16ERDERDERDERDDD1331
26ERDERDERDERDFF2331

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Dihydroflavonol 4-reductase


分子量: 37694.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: dfr1 / プラスミド: PQE(30XA) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(PREP4)
参照: UniProt: P93799, UniProt: P51110*PLUS, dihydroflavonol 4-reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ERD / (2S)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-5,7-DIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE / エリオジクチオ-ル


分子量: 288.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O6 / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 50MM NACL, 29% PEG3350, 100MM HEPES, 3MM NAN3, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI (311) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64.827 Å / Num. all: 37210 / Num. obs: 37210 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 29478 / Num. unique all: 5566 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2c29

2c29


解像度: 2.1→64.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1899 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.192 37159 --
obs0.192 37159 84.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.017 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3----2.14 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→64.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5027 0 138 558 5723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9897234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1875656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.56223.869199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.50915851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.111522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.22506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23640
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.51933268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53465291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68332033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.53761943
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: D / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1412TIGHT POSITIONAL0.040.05
1359MEDIUM POSITIONAL0.330.5
1412TIGHT THERMAL0.862
1359MEDIUM THERMAL1.444
2192TIGHT POSITIONAL0.030.05
2203MEDIUM POSITIONAL0.210.5
2192TIGHT THERMAL0.872
2203MEDIUM THERMAL1.234
3312TIGHT POSITIONAL0.040.05
3292MEDIUM POSITIONAL0.170.5
3312TIGHT THERMAL1.082
3292MEDIUM THERMAL1.594
4240TIGHT POSITIONAL0.040.05
4221MEDIUM POSITIONAL0.240.5
4240TIGHT THERMAL1.12
4221MEDIUM THERMAL1.514
548MEDIUM POSITIONAL0.090.5
548MEDIUM THERMAL1.194
621MEDIUM POSITIONAL0.040.5
621MEDIUM THERMAL1.454
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 155 -
Rwork0.289 2650 -
obs-2805 88.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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