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- PDB-2nnc: Structure of the sulfur carrier protein SoxY from Chlorobium limi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nnc
タイトルStructure of the sulfur carrier protein SoxY from Chlorobium limicola f thiosulfatophilum
要素Sulfur covalently-binding protein
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / sulfur binding protein / SoxY / beta sandwich / green sulfur bacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITROGEN MOLECULE / PHOSPHATE ION / Sulfur covalently-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium limicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Stout, J. / Van Driessche, G. / Savvides, S.N. / Van Beeumen, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: X-ray crystallographic analysis of the sulfur carrier protein SoxY from Chlorobium limicola f. thiosulfatophilum reveals a tetrameric structure.
著者: Stout, J. / Van Driessche, G. / Savvides, S.N. / Van Beeumen, J.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfur covalently-binding protein
B: Sulfur covalently-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3257
ポリマ－26,1102
非ポリマー2145
水84747
1
A: Sulfur covalently-binding protein
B: Sulfur covalently-binding protein
ヘテロ分子

A: Sulfur covalently-binding protein
B: Sulfur covalently-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,65014
ポリマ－52,2214
非ポリマー42910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)40.725, 120.114, 95.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Sulfur covalently-binding protein


分子量: 13055.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium limicola (バクテリア)
プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8RLX2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-HDZ / NITROGEN MOLECULE


分子量: 28.013 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2342.8
22.4147
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Ammonium phosphate, sodium acetate, DTT, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
22931
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A11.06
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A21.04
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2005年2月2日
MARRESEARCH2CCD2005年5月26日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.061
21.041
反射解像度: 2.14→99 Å / Num. obs: 13122 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 5.6 / 冗長度: 7.81 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 831 / % possible all: 97.8

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing MIR解像度: 3→25 Å / FOM: 0.49 / 反射: 4946
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
10.28-250.66275
6.67-10.280.66428
5.27-6.670.61533
4.49-5.270.51606
3.97-4.490.49680
3.6-3.970.43749
3.32-3.60.4815
3.1-3.320.37860

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.14→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 14.828 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.272 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 619 4.9 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.218 ---
obs-12527 94.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1613 0 12 47 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01116480.022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.00115760.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31722481.975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71736373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3642235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.4154824.792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33825315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.826615
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0692820.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00418190.02
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0012940.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1792760.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.19214540.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1717890.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0869870.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.138450.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.13100.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.189430.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.03910.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.57111651.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1184481.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78818262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3545463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1554224.5
LS精密化 シェル解像度: 2.141→2.196 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 16 -
Rwork0.257 302 -
obs--33.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.70438.8574-5.335227.99731.126811.29640.0715-0.23150.3573-0.64770.30790.1431-1.06310.8711-0.3794-0.2222-0.0953-0.01270.19250.1118-0.272518.97958.747842.5442
24.1433-0.71291.22133.9572-1.12678.0375-0.12170.0251-0.1295-0.2012-0.04320.1983-0.32410.5920.165-0.2153-0.07150.0238-0.22620.0426-0.29069.964955.519633.7477
35.082915.4043-1.945855.1183-5.19050.8040.1257-0.5823-0.95350.386-0.7671-1.811-0.12130.47440.6414-0.0452-0.168-0.11030.16750.54810.4030.334929.42651.4867
48.76543.9141.09610.9809-1.9035.31440.1911-0.2035-1.0289-0.607-0.06580.320.9538-0.2838-0.1253-0.0793-0.102-0.0493-0.18390.14460.0164-1.925639.750141.5862
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA8 - 2110 - 23
22AA22 - 11724 - 119
33BB1 - 213 - 23
44BB22 - 11524 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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