[日本語] English
万見
- PDB-2nn6: Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp4... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nn6
タイトルStructure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40
要素
  • (Exosome complex exonuclease ...) x 6
  • 3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog
  • Exosome component 6
  • Polymyositis/scleroderma autoantigen 1
キーワードHYDROLASE/TRANSFERASE / RNA / exosome / PM/Scl / exoribonuclease / phosphorolytic / ribonuclease / HYDROLASE-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-UTR AU-rich region binding => GO:0035925 / DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing ...mRNA 3'-UTR AU-rich region binding => GO:0035925 / DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / : / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / : / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / positive regulation of isotype switching / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 7S RNA binding / isotype switching / RNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / nuclear chromosome / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / RNA processing / regulation of mRNA stability / euchromatin / fibrillar center / rRNA processing / chromosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / positive regulation of cell growth / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp43 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain ...Exosome complex component Rrp43 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / RRP4, S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / : / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / KH domain / GHMP Kinase, N-terminal domain / K Homology domain, type 1 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / K Homology domain, type 1 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex component CSL4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Lima, C.D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Reconstitution, activities, and structure of the eukaryotic RNA exosome.
著者: Liu, Q. / Greimann, J.C. / Lima, C.D.
履歴
登録2006年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999 SEQUENCE IN THE C-TERMINAL REGION OF CHAIN "A", 303-456, ONLY THIRTY EIGHT RESIDUES WERE VISIBLE ... SEQUENCE IN THE C-TERMINAL REGION OF CHAIN "A", 303-456, ONLY THIRTY EIGHT RESIDUES WERE VISIBLE IN ELECTRON DENSITY. THE SEQUENCE NUMBERING 412-449 OF THESE 38 RESIDUES IN CHAIN A IS RANDOM, AND THESE RESIDUES ARE ASSIGNED AS "UNK" (UNKNOWN AMINO ACIDS). THE SEQUENCE ALIGNMENT IS UNKNOWN IN THIS REGION. THE SEQUENCE IN THIS DISORDERED REGION (RESIDUES 303-456) IS: IDTSDVEEKAEEIIAEAEPPSEVVSTPVLWTPGTAQIGEGVENSWGD LEDSEKEDDEGGGDQAIILDGIKMDTGVEVSDIGSQELGFHHVGQTG LEFLTSDAPIILSDSEEEEMIILEPDKNPKKIRTQTTSAKQEKAPSK KPVKRRKKKRAAN

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polymyositis/scleroderma autoantigen 1
B: Exosome complex exonuclease RRP41
C: Exosome complex exonuclease RRP43
D: Exosome complex exonuclease RRP46
E: Exosome complex exonuclease RRP42
F: Exosome component 6
G: Exosome complex exonuclease RRP40
H: Exosome complex exonuclease RRP4
I: 3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,6669
ポリマ－272,6669
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26920 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area98680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)307.800, 307.800, 307.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 AFI

#1: タンパク質 Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 / Ribosomal RNA-processing protein 45 / Rrp45 / PM/Scl-75


分子量: 39405.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: PMSCL1 / プラスミド: pETDuet-1 (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q86Y41, UniProt: Q06265*PLUS
#6: タンパク質 Exosome component 6 / Mtr3


分子量: 28267.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: EXOSC6 / プラスミド: pRSFDuet-1 (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q5RKV6
#9: タンパク質 3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog / Exosome component 1


分子量: 23097.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: EXOSC1, CSL4 / プラスミド: pRSFDuet-1 (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q9Y3B2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
Exosome complex exonuclease ... , 6種, 6分子 BCDEGH

#2: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP41 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / Exosome component 4 / p12A


分子量: 26831.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: EXOSC4, RRP41, SKI6 / プラスミド: pETDuet-1 (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q9NPD3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 43 / Exosome component 8 / p9 / Opa-interacting protein 2 / OIP2


分子量: 30285.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: EXOSC8, OIP2, RRP43 / プラスミド: pSMT3 (Smt3 fusion) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q96B26, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#4: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP46 / Ribosomal RNA-processing protein 46 / Exosome component 5 / p12B / Chronic myelogenous leukemia ...Ribosomal RNA-processing protein 46 / Exosome component 5 / p12B / Chronic myelogenous leukemia tumor antigen 28


分子量: 25480.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: EXOSC5, CML28, RRP46 / プラスミド: pSMT3 (Smt3-fusion) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q9NQT4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#5: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP42 / Ribosomal RNA-processing protein 42 / Exosome component 7 / p8


分子量: 33479.121 Da / 分子数: 1 / Mutation: L274V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: EXOSC7, KIAA0116, RRP42 / プラスミド: pRSFDuet-1 (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
参照: UniProt: Q15024, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#7: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP40 / Ribosomal RNA-processing protein 40 / Exosome component 3 / p10


分子量: 31227.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: EXOSC3, RRP40 / プラスミド: pRSFDuet-1 (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q9NQT5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#8: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP4 / Ribosomal RNA-processing protein 4 / Exosome component 2


分子量: 34590.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: placental cDNA (Ambion, Inc) / 遺伝子: EXOSC2, RRP4 / プラスミド: pRSFDuet-1 (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q13868, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→35 Å / Num. all: 69964 / Num. obs: 69964 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6999 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.35→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 59512279.13 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED CNS version 1.2 grid search used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.344 3465 5 %RANDOM
Rwork0.291 ---
obs0.291 69115 97.7 %-
all-69115 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.5031 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 119.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.74 Å0.63 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a1.35 Å0.98 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16858 0 0 0 16858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.042.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.263.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.364.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.25.5
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 336 5.2 %
Rwork0.349 6167 -
obs--93.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る