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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nn4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis yqgQ, Pfam DUF910 | ||||||
![]() | Hypothetical protein yqgQ | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Novel fold / pfam:DUF910 / 10278a / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | YqgQ-like / YqgQ-like / YqgQ-like superfamily / YqgQ-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein YqgQ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Damodharan, L. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of YqgQ protein from Bacillus subtilis, a conserved hypothetical protein. 著者: Lakshminarasimhan, D. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8701.916 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.066M sodium di-hydrogen phophate, 3.385M di-potassium hydrogen phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月14日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 12344 / Num. obs: 12344 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1075 / % possible all: 84.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: the missing residues listed in Remark 465 are due to lack of electron density.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.1294 Å2 / ksol: 0.390188 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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