[日本語] English
万見
- PDB-2nmv: Damage detection by the UvrABC pathway: Crystal structure of UvrB... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nmv
タイトルDamage detection by the UvrABC pathway: Crystal structure of UvrB bound to fluorescein-adducted DNA
要素
  • (UvrABC system protein ...) x 2
  • 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'
キーワードHYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex / T-fluorescein / hairpin / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / SOS response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain ...UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / N-METHYLACETAMIDE / DNA / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Waters, T.R. / Eryilmaz, J. / Geddes, S. / Barrett, T.E.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: Damage detection by the UvrABC pathway: crystal structure of UvrB bound to fluorescein-adducted DNA
著者: Waters, T.R. / Eryilmaz, J. / Geddes, S. / Barrett, T.E.
履歴
登録2006年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: UvrABC system protein B
B: UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2556
ポリマ－82,4223
非ポリマー8333
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.410, 95.597, 97.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
DNA鎖 , 1種, 1分子 D

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 1476.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
UvrABC system protein ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 UvrABC system protein B / Protein uvrB / Excinuclease ABC subunit B / Protein dinA


分子量: 76440.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: uvrB / プラスミド: pET8c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 pLysS
参照: UniProt: P37954, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質・ペプチド UvrABC system protein B / Protein uvrB / Excinuclease ABC subunit B / Protein dinA


分子量: 4506.226 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 622-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: uvrB / プラスミド: pET8c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 pLysS
参照: UniProt: P37954, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#4: 化合物 ChemComp-NML / N-METHYLACETAMIDE / N-メチルアセトアミド


分子量: 73.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#5: 化合物 ChemComp-FLU / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / FLUORESCEIN / 2-(3-オキソ-6-ヒドロキシ-3H-キサンテン-9-イル)安息香酸


分子量: 332.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12O5
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化温度: 289 K / pH: 8.5
詳細: 18-20% PEG 20000, 0.1M pH 8.5 Tris-Hcl, microbatch, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 2000011
2Tris-Hcl11
3PEG 2000012

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日 / 詳細: Bent cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→68.36 Å / Num. obs: 15109 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 73.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1087 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D7D

2d7d


解像度: 2.95→68.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 20.806 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.515 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28074 755 5 %RANDOM
Rwork0.22428 ---
all0.22706 15109 --
obs0.22706 14309 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.348 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å20 Å2
2---2.04 Å20 Å2
3---0.82 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→68.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5179 84 48 0 5311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7132.0027315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5275654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00824.038260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.40515938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8611547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.22515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.23670
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6961.53356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23425264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79932317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0524.52051
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 71 -
Rwork0.265 1010 -
obs-1087 99.17 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る