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万見
- PDB-2nms: The Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nms
タイトルThe Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Inhibitor Receptor Expressed on Myeloid Cells IREM-1
要素CMRF35-like-molecule 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / IG-SUPERFAMILY / IG-V / NKP44-LIKE / MYELOID IG-LIKE RECEPTOR / inhibitory receptor / myelo-monocytic cells / negative regulation of leukocyte / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / immune system process ...interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / immune system process / phosphatidylserine binding / regulation of immune response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CMRF35-like molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dimasi, N. / Marquez, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Inhibitor Receptor Expressed on Myeloid Cells IREM-1.
著者: Marquez, J.A. / Galfre, E. / Dupeux, F. / Flot, D. / Moran, O. / Dimasi, N.
履歴
登録2006年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMRF35-like-molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9771
ポリマ－13,9771
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.230, 54.230, 72.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 CMRF35-like-molecule 1 / CLM-1 / Immune receptor expressed on myeloid cells protein 1 / IREM-1 / Immunoglobulin superfamily ...CLM-1 / Immune receptor expressed on myeloid cells protein 1 / IREM-1 / Immunoglobulin superfamily member 13 / NK inhibitory receptor / CD300 antigen like family member F / IgSF13 / IREM-1 MYELOID RECEPTOR EXTRACELLULAR DOMAIN 1


分子量: 13976.710 Da / 分子数: 1 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 21-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: myeloid cells / 遺伝子: CD300LF, CLM1, IGSF13, IREM1, NKIR / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q8TDQ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.25M potassium thiocyanate, 25% (w/v) PEG MME 2000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月9日 / 詳細: Pt coated mirrors, Microfocusing
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.67 Å / Num. all: 4029 / Num. obs: 3936 / % possible obs: 97.77 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0967 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 0.0967
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 5.01 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 4.17 / Num. unique all: 401 / Rsym value: 0.455 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZOX

1zox


解像度: 2.6→19.67 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 201 -RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.218 3936 --
obs-3936 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.47 Å25.66 Å20 Å2
2--3.47 Å20 Å2
3----6.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数882 0 0 50 932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.54
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.87
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.076
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 32 -
Rwork0.266 --
obs-615 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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