+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nln | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution Structure of Calcium-free Rat Beta-parvalbumin | ||||||
要素 | Oncomodulin | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN / RAT BETA PARVALBUMIN / RAT ONCOMODULIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cuticular plate / stereocilium / ion binding / supramolecular fiber / cochlea development / response to wounding / vesicle / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity ...cuticular plate / stereocilium / ion binding / supramolecular fiber / cochlea development / response to wounding / vesicle / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing using torsion angle molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Henzl, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007 タイトル: Solution structure of Ca2+-free rat beta-parvalbumin (oncomodulin). 著者: Henzl, M.T. / Tanner, J.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nln.cif.gz | 634.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2nln.ent.gz | 529.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nln.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2nln_validation.pdf.gz | 341.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2nln_full_validation.pdf.gz | 535.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2nln_validation.xml.gz | 63.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2nln_validation.cif.gz | 85 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/2nln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/2nln | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12067.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ocm / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P02631 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using: 1. distance restraints collected from 3D NOESY experiments, 2. dihedral angle restraints based on coupling constants (HNHA), and chemical shift data (CSI, ...Text: This structure was determined using: 1. distance restraints collected from 3D NOESY experiments, 2. dihedral angle restraints based on coupling constants (HNHA), and chemical shift data (CSI, TALOS), 3. hydrogen-bond restraints (collected from H-D exchange measurements), 4. 1H-15N residual dipolar couplings |
-試料調製
詳細 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 | イオン強度: 0.15 M NaCl, 0.01 M Mes / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing using torsion angle molecular dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 2961 restraints: 2553 are NOE-derived distance constraints, 241 are dihedral angle restraints, 74 are distance restraints derived from putative hydrogen ...詳細: The structures are based on a total of 2961 restraints: 2553 are NOE-derived distance constraints, 241 are dihedral angle restraints, 74 are distance restraints derived from putative hydrogen bonds, and 93 are angle restraints based on residual dipolar couplings | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |