PDB-2nip: NITROGENASE IRON PROTEIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nip

タイトル

NITROGENASE IRON PROTEIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII

要素

NITROGENASE IRON PROTEIN

キーワード

IRON PROTEIN (鉄) /

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

ニトロゲナーゼ / carbonyl sulfide nitrogenase activity /

nitrogenase activity /

窒素固定 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding /

ATP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Komiya, H. / Georgiadis, M.M. / Chakrabarti, P. / Woo, D. / Kornuc, J.J. / Rees, D.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Conformational variability in structures of the nitrogenase iron proteins from Azotobacter vinelandii and Clostridium pasteurianum.
著者: Schlessman, J.L. / Woo, D. / Joshua-Tor, L. / Howard, J.B. / Rees, D.C.

履歴

登録	1998年5月11日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月9日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nip.cif.gz	127.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nip.ent.gz	99.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/2nip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/2nip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cp2C 1nipS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g5p-d 1xcp-1 1fp6-2 1kc6-2 1xcp-2 1tw8-1 2gie-2 1nip-d 1kc6-1 1xdb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: NITROGENASE IRON PROTEIN

B: NITROGENASE IRON PROTEIN

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.120, 90.530, 91.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NITROGENASE IRON PROTEIN 分子量: 31417.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: OP / 参照: UniProt: P00459, ニトロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %

結晶化

手法: liquid-liquid diffusion / pH: 8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY LIQUID-LIQUID DIFFUSION METHOD, USING 25-30% PEG 4000, 140-200 MM NA2MOO4, 100 MM TRIS-CL, PH 8.0; PROTEIN WAS HELD IN A BUFFER OF 20% GLYCEROL, 50 MM TRIS-CL, PH ...

結晶

*PLUS

結晶化

*PLUS

手法: batch method

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	25-30 %	PEG4000	1	1
2	140-200 mM		1	1	Na2MoO4
3	50 mM	Tris-Cl	1	1
4	20 %	glycerol	1	2
5	450 mM		1	2	NaCl
6	2 mM		1	2	Na2S2O4
7	50 mM	Tris-HCl	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 29060 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / R_sym value: 0.309 / % possible all: 94.9
反射	PLUS Num. measured all*: 260578
反射シェル	PLUS % possible obs*: 94.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
X-PLOR	3.8	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NIP

1nip

解像度: 2.2→50 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	1737	6 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.223	29180	92.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.26 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.45 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	50 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4356	0	8	376	4740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	23.9
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	1.64
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	2.4	2
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	3.64	2.5
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	3.62	2.5
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	5.18	3

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / R_factor R_free error: 0.025 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	185	6.3 %
R_work	0.295	2747	-
obs	-	-	94.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	AV2_PARAM.PRO	AV2_TOPH.PRO
X-RAY DIFFRACTION	2	PARHCSDX_JPJ.PRO	TOPHCSDX_JPJ.PRO

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.29

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	23.9
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.64

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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