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- PDB-2nef: HIV-1 NEF (REGULATORY FACTOR), NMR, 40 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nef
タイトルHIV-1 NEF (REGULATORY FACTOR), NMR, 40 STRUCTURES
要素NEGATIVE FACTOR (F-PROTEIN)
キーワードREGULATORY FACTOR / AIDS / MYRISTYLATION / GTP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / negative regulation of CD4 production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / virion component => GO:0044423 / suppression by virus of host autophagy / CD4 receptor binding / thioesterase binding / host cell Golgi membrane ...symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / negative regulation of CD4 production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / virion component => GO:0044423 / suppression by virus of host autophagy / CD4 receptor binding / thioesterase binding / host cell Golgi membrane / MHC class I protein binding / : / regulation of calcium-mediated signaling / viral life cycle / SH3 domain binding / ATPase binding / signaling receptor binding / GTP binding / protein kinase binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR
データ登録者Grzesiek, S. / Bax, A. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Hu, J.S. / Kaufman, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Tjandra, N. / Wingfield, P.T.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Refined solution structure and backbone dynamics of HIV-1 Nef.
著者: Grzesiek, S. / Bax, A. / Hu, J.S. / Kaufman, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Tjandra, N. / Wingfield, P.T.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: The Solution Structure of HIV-1 Nef Reveals an Unexpected Fold and Permits Delineation of the Binding Surface for the SH3 Domain of HCK Tyrosine Protein Kinase
著者: Grzesiek, S. / Bax, A. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Hu, J.S. / Kaufman, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T.
履歴
登録1997年2月12日処理サイト: BNL
置き換え1997年7月7日ID: 1NEF
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEGATIVE FACTOR (F-PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1481
ポリマ－16,1481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 NEGATIVE FACTOR (F-PROTEIN) / HIV-1 NEF


分子量: 16148.163 Da / 分子数: 1 / 変異: DEL(2-39), DEL(159-173), C206A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 株: BH10 / 遺伝子: HIV-1 NEF / プラスミド: PET11A / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 NEF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q70627
配列の詳細THE MATERIAL USED WAS A DELETION MUTANT: DELTA 2 - 39 AND DELTA 159 - 173, WHICH REMOVES THE ...THE MATERIAL USED WAS A DELETION MUTANT: DELTA 2 - 39 AND DELTA 159 - 173, WHICH REMOVES THE DISORDERED N-TERMINUS AND REDUCES THE SIZE OF A LONG DISORDERED SOLVENT EXPOSED LOOP. IT ALSO CONTAINS A CYS 206 TO ALA MUTATION TO PREVENT THE FORMATION OF INTERMOLECULAR DISULFIDES. THE HIV-1 STRAIN FROM WHICH THE PROTEIN WAS DERIVED IS STRAIN BH10.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE 3D STRUCTURE OF THE HIV-1 NEF (DELTA2 - 39, DELTA 159 - 173) SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 1250 EXPERIMENTAL RESTRAINTS: 338 SEQUENTIAL (|I- ...Text: THE 3D STRUCTURE OF THE HIV-1 NEF (DELTA2 - 39, DELTA 159 - 173) SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 1250 EXPERIMENTAL RESTRAINTS: 338 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 101 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| <=5) AND 245 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUES AND 70 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 64 DISTANCE RESTRAINTS FOR 32 HYDROGEN BONDS; 157 TORSION ANGLE (78 PHI, 10 PSI, 55 CHI1 AND 14 CHI2) RESTRAINTS; 91 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; AND 184 (93 CALPHA AND 91 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM X-PLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM X-PLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN. RESON. SERIES B 104, 99 - 103) AND CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92 - 96) RESTRAINTS. THE COORDINATES OF THE 40 FINAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES ARE PRESENTED IN THIS ENTRY. THE B FACTOR FIELD PRESENTS THE AVERAGE RMS OF THE 40 INDIVIDUAL STRUCTURES ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS OBTAINED BY BEST FITTING RESIDUES 76 - 94, 97 - 102, 106 -147, 181 - 191, AND 194 -199. THESE RESIDUES CORRESPOND TO THE NON-MOBILE CORE OF THE PROTEIN AS EVIDENCED BY 15N RELAXATION DATA.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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