PDB-2ndi: Solution structure of the toxin ISTX-I from Ixodes scapularis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ndi

タイトル

Solution structure of the toxin ISTX-I from Ixodes scapularis

要素

Putative secreted salivary protein

キーワード

TOXIN / toxin peptide

機能・相同性

sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Sodium channel inhibitor ISTX-I

機能・相同性情報

生物種

Ixodes scapularis (ダニ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

minimized average structure, model1

Model type details

minimized average

データ登録者

Hu, K.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A sodium channel inhibitor ISTX-I with a novel structure provides a new hint at the evolutionary link between two toxin folds.
著者: Rong, M. / Liu, J. / Zhang, M. / Wang, G. / Zhao, G. / Wang, G. / Zhang, Y. / Hu, K. / Lai, R.

履歴

登録	2016年6月1日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ndi.cif.gz	288.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ndi.ent.gz	250.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ndi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/2ndi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/2ndi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1d2d-d 1u0i-d 5mfm-7 3twf-d 6i31-2 1abz-d 6cku-d 1y47-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 26062

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative secreted salivary protein

4.79 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	Putative secreted salivary protein 分子量: 4793.280 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-86 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ixodes scapularis (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4PN35
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-13C HSQC
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D TOCSY-HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 1mM ISTX-I-1, 8mM ISTX-I-2, 10mM MES-3, 20mM sodium chloride-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1 mM	ISTX-I-1	1
8 mM	ISTX-I-2	1
10 mM	MES-3	1
20 mM	sodium chloride-4	1

試料状態

イオン強度: 0.02 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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