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万見
- PDB-2ncl: Solution structure of BOLA3 from Homo sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ncl
タイトルSolution structure of BOLA3 from Homo sapiens
要素BolA-like protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / class II KH-like fold / mitochondrial protein / Fe/S protein biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear body / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
BolA-like / BolA protein / BolA-like superfamily / BolA-like protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BolA-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model10
データ登録者Ciofi-Baffoni, S. / Nasta, V. / Banci, L.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Mitochondrial Bol1 and Bol3 function as assembly factors for specific iron-sulfur proteins.
著者: Uzarska, M.A. / Nasta, V. / Weiler, B.D. / Spantgar, F. / Ciofi-Baffoni, S. / Saviello, M.R. / Gonnelli, L. / Muhlenhoff, U. / Banci, L. / Lill, R.
履歴
登録2016年4月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BolA-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3071
ポリマ－9,3071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80
代表モデルモデル #10closest to the average

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要素

#1: タンパク質 BolA-like protein 3


分子量: 9306.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BOLA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q53S33

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1332D 1H-1H TOCSY
1432D 1H-1H NOESY
1523D CBCA(CO)NH
1623D HNCO
1723D HNCA
1823D HN(CA)CB
1923D HBHA(CO)NH
11023D HN(CO)CA
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D HN(CA)CO
11313D 1H-15N NOESY
11423D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-100% 15N] BOLA3, 50 mM potassium phosphate, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BOLA3, 50 mM potassium phosphate, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM BOLA3, 50 mM potassium phosphate, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMBOLA3-1[U-100% 15N]0.5-11
50 mMpotassium phosphate-21
5 mMDTT-31
mMBOLA3-4[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-12
50 mMpotassium phosphate-52
5 mMDTT-62
1 mMBOLA3-73
50 mMpotassium phosphate-83
5 mMDTT-93
試料状態pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
UNIOHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
UNIOHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
iCINGVuister, Sousa da Silva and Doreleijersstructure validation
PSVSBhattacharya and Montelionestructure validation
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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