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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nc8 | ||||||
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タイトル | NMR structure of the Mycobacterium tuberculosis LppM (Rv2171) protein folded domain | ||||||
要素 | Lipoprotein LppM | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / TRANSPORT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | cell wall / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane => GO:0016020 / lipid binding / extracellular region / DUF3153 domain-containing protein / Protein LppM 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Barthe, P. / Cohen-Gonsaud, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Mycobacterium tuberculosis LppM Displays an Original Structure and Domain Composition Linked to a Dual Localization. 著者: Barthe, P. / Veyron-Churlet, R. / de Visch, A. / Gilleron, M. / Saliou, J.M. / Tomavo, S. / Nigou, J. / Brodin, P. / Cohen-Gonsaud, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nc8.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nc8.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nc8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2nc8_validation.pdf.gz | 559.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2nc8_full_validation.pdf.gz | 950.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2nc8_validation.xml.gz | 125.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2nc8_validation.cif.gz | 156.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/2nc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/2nc8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19417.467 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 26-185 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: lppM, AFL40_2254, BN1213_00992, BN1303_00406, ERS007661_00910, ERS007663_00966, ERS007665_02632, ERS007670_01654, ERS007672_03318, ERS007679_00953, ERS007681_03123, ERS007688_03112, ...遺伝子: lppM, AFL40_2254, BN1213_00992, BN1303_00406, ERS007661_00910, ERS007663_00966, ERS007665_02632, ERS007670_01654, ERS007672_03318, ERS007679_00953, ERS007681_03123, ERS007688_03112, ERS007720_03717, ERS007722_01662, ERS013447_03488, ERS013471_03169, ERS023446_03335, ERS024213_03999, ERS027644_02995, ERS027653_02310, ERS027656_02172, ERS027666_01329, ERS031493_03859, ERS031537_04052, ERS075357_01597, ERS075361_03109, ERS075387_02172, ERS124361_03770, IQ38_09230, IQ40_08885, IQ42_08970, IQ45_08850, IQ47_08830, IQ48_08865, IU12_09440, IU13_08950, IU16_08915, IU17_08865, T209_08835 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: A0A045INR3, UniProt: O53505*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 150 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: DGSA-distance geometry simulated annealing | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30 |