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万見
- PDB-2nby: Solution structure of the J domain of EMCV IRES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nby
タイトルSolution structure of the J domain of EMCV IRES
要素IRES RNA (39-MER)
キーワードRNA / IRES / translation initiation / Viral RNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Imai, S. / D'Souza, V. / Wagner, G.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: An accurately preorganized IRES RNA structure enables eIF4G capture for initiation of viral translation.
著者: Imai, S. / Kumar, P. / Hellen, C.U. / D'Souza, V.M. / Wagner, G.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
Item: _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IRES RNA (39-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5381
ポリマ－12,5381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 IRES RNA (39-MER)


分子量: 12538.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2222D 1H-1H NOESY
3322D 1H-1H NOESY
1432D 1H-13C HSQC
1533D 1H-13C NOESY
1642D 1H-13C HSQC
1743D 1H-13C NOESY
2852D 1H-15N HSQC
3952D 1H-15N HSQC
21062D 1H-15N HSQC
31162D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM RNA (39-MER), 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
20.5 mM RNA (39-MER), 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-13C; U-15N]-Ade, [U-13C; U-15N]-Cyt RNA (39-MER), 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Ura RNA (39-MER), 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
50.5 mM [U-13C; U-15N]-Ade, [U-13C; U-15N]-Cyt RNA (39-MER), 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.5 mM [U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Ura RNA (39-MER), 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMRNA (39-MER)-11
10 mMpotassium phosphate-21
10 mMsodium chloride-31
0.5 mMRNA (39-MER)-42
10 mMpotassium phosphate-52
10 mMsodium chloride-62
0.5 mMRNA (39-MER)-7[U-13C; U-15N]-Ade, [U-13C; U-15N]-Cyt3
10 mMpotassium phosphate-83
10 mMsodium chloride-93
0.5 mMRNA (39-MER)-10[U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Ura4
10 mMpotassium phosphate-114
10 mMsodium chloride-124
0.5 mMRNA (39-MER)-13[U-13C; U-15N]-Ade, [U-13C; U-15N]-Cyt5
10 mMpotassium phosphate-145
10 mMsodium chloride-155
0.5 mMRNA (39-MER)-16[U-13C; U-15N]-Gua, [U-13C; U-15N]-Ura6
10 mMpotassium phosphate-176
10 mMsodium chloride-186
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1206.5ambient 308 K
2206.5ambient 283 K
3205.5ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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