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- PDB-2nb1: P63/p73 hetero-tetramerisation domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nb1
タイトルP63/p73 hetero-tetramerisation domain
要素
  • Tumor protein 63
  • Tumor protein p73
キーワードTRANSCRIPTION / p63 / p73 / tetramerization domain / hetero tetramer / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / cerebrospinal fluid secretion / female genitalia morphogenesis / positive regulation of keratinocyte proliferation ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of mesoderm development / prostatic bud formation / cerebrospinal fluid secretion / female genitalia morphogenesis / positive regulation of keratinocyte proliferation / establishment of planar polarity / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / negative regulation of keratinocyte differentiation / polarized epithelial cell differentiation / proximal/distal pattern formation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / skin morphogenesis / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / sympathetic nervous system development / cranial skeletal system development / post-anal tail morphogenesis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / embryonic forelimb morphogenesis / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / embryonic hindlimb morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / WW domain binding / hair follicle morphogenesis / digestive tract morphogenesis / epithelial cell development / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of Notch signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / regulation of epidermal cell division / positive regulation of stem cell proliferation / odontogenesis of dentin-containing tooth / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cellular senescence / keratinocyte proliferation / positive regulation of cell size / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Pyroptosis / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / neuron development / mismatch repair / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / MDM2/MDM4 family protein binding / regulation of mitotic cell cycle / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription corepressor binding / stem cell proliferation / skeletal system development / post-embryonic development / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Metabolic Genes / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / protein tetramerization / kidney development / promoter-specific chromatin binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / p53 binding / cellular senescence / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of gene expression / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / dendrite / centrosome / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / Tumour protein p73, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Tumour protein p63, SAM domain / Tumour protein p73, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor protein p73 / Tumor protein 63
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Gebel, J. / Buchner, L. / Loehr, F.M. / Luh, L.M. / Coutandin, D. / Guentert, P. / Doetsch, V.
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2016
タイトル: Mechanism of TAp73 inhibition by Delta Np63 and structural basis of p63/p73 hetero-tetramerization.
著者: Gebel, J. / Luh, L.M. / Coutandin, D. / Osterburg, C. / Lohr, F. / Schafer, B. / Frombach, A.S. / Sumyk, M. / Buchner, L. / Krojer, T. / Salah, E. / Mathea, S. / Guntert, P. / Knapp, S. / Dotsch, V.
履歴
登録2016年1月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor protein 63
B: Tumor protein p73
C: Tumor protein 63
D: Tumor protein p73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7164
ポリマ－26,7164
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Tumor protein 63 / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / ...p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51


分子量: 7323.190 Da / 分子数: 2 / 断片: Tetramerization domain of 63, UNP residues 397-455 / 変異: K21E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KET, P63, P73H, P73L, TP63, TP73L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H3D4
#2: タンパク質・ペプチド Tumor protein p73 / p53-like transcription factor / p53-related protein


分子量: 6034.894 Da / 分子数: 2 / 断片: Tetramerization domain of p73, UNP residues 351-398 / 変異: E15K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P73, TP73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O15350

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D HN(CA)CO
1313D 1H-15N NOESY
1423D HN(CA)CB
1523D HN(CA)CO
1623D 1H-15N NOESY
1713D H(CCO)NH
1813D C(CO)NH
1923D H(CCO)NH
11023D C(CO)NH
11112D 1H-13C HSQC aromatic
11222D 1H-13C HSQC aromatic
11312D (H)CB(CG)CCH-TOCSY
11422D (H)CB(CG)CCH-TOCSY
11512D (HB)CB(CDCD)HD
11622D (HB)CB(CDCD)HD
11713D 1H-13C NOESY aromatic
11823D 1H-13C NOESY aromatic
11913D 13C/15N-filtered NOESY-[13C,1H]-HSQC
12023D 13C/15N-filtered NOESY-[13C,1H]-HSQC
12113D 13C/15N-filtered NOESY-[15N,1H]-TROSY
12223D 13C/15N-filtered NOESY-[15N,1H]-TROSY
12313D 1H-13C NOESY
12423D 1H-13C NOESY
12512D 1H-13C HSQC
12622D 1H-13C HSQC
12712D 1H-15N HSQC
12822D 1H-15N HSQC
12952D 1H-15N HSQC
13062D 1H-15N HSQC
13133D lr-HNCO
13243D lr-HNCO
23373D lr-HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p63 tetramerization domain, 0.5 mM p73 tetramerization domain, 25 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM p63 tetramerization domain, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p73 tetramerization domain, 25 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5 mM [U-100% 15N] p63 tetramerization domain, 0.5 mM [U-100% 13C] p63 tetramerization domain, 1 mM p73 tetramerization domain, 25 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM p63 tetramerization domain, 0.5 mM [U-100% 15N] p73 tetramerization domain, 0.5 mM [U-100% 13C] p73 tetramerization domain, 25 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.5 mM [U-100% 15N] p63 tetramerization domain, 0.5 mM p73 tetramerization domain, 25 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
60.5 mM p63 tetramerization domain, 0.5 mM [U-100% 15N] p73 tetramerization domain, 25 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
70.5 mM [U-100% 15N] p63 tetramerization domain, 0.5 mM [U-100% 13C] p63 tetramerization domain, 0.5 mM [U-100% 15N] p73 tetramerization domain, 0.5 mM [U-100% 13C] p73 tetramerization domain, 25 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMp63 tetramerization domain-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 mMp73 tetramerization domain-21
25 mMHEPES-31
50 mMsodium chloride-41
0.5 mMp63 tetramerization domain-52
0.5 mMp73 tetramerization domain-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
25 mMHEPES-72
50 mMsodium chloride-82
0.5 mMp63 tetramerization domain-9[U-100% 15N]3
0.5 mMp63 tetramerization domain-10[U-100% 13C]3
1 mMp73 tetramerization domain-113
25 mMHEPES-123
50 mMsodium chloride-133
1 mMp63 tetramerization domain-144
0.5 mMp73 tetramerization domain-15[U-100% 15N]4
0.5 mMp73 tetramerization domain-16[U-100% 13C]4
25 mMHEPES-174
50 mMsodium chloride-184
0.5 mMp63 tetramerization domain-19[U-100% 15N]5
0.5 mMp73 tetramerization domain-205
25 mMHEPES-215
50 mMsodium chloride-225
0.5 mMp63 tetramerization domain-236
0.5 mMp73 tetramerization domain-24[U-100% 15N]6
25 mMHEPES-256
50 mMsodium chloride-266
0.5 mMp63 tetramerization domain-27[U-100% 15N]7
0.5 mMp63 tetramerization domain-28[U-100% 13C]7
0.5 mMp73 tetramerization domain-29[U-100% 15N]7
0.5 mMp73 tetramerization domain-30[U-100% 13C]7
25 mMHEPES-317
50 mMsodium chloride-327
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1757ambient atm310 K
256ambient atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
OPALp1.4Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
Sparky3.114Goddardpeak picking
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
TopSpin3.2Bruker Biospinデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2582 / NOE intraresidue total count: 412 / NOE long range total count: 850 / NOE medium range total count: 614 / NOE sequential total count: 706 / Hydrogen bond constraints total count: 440 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 180 / Protein psi angle constraints total count: 180
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 4.96 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 6.66 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.17 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0076 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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