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万見
- PDB-2n9q: Photoswitchable G-quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n9q
タイトルPhotoswitchable G-quadruplex
要素DNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3')
キーワードDNA / quadruplex / photoswitch
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Thevarpadam, J. / Bessi, I. / Binas, O. / Goncalves, D.P.N. / Slavov, C. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Wachtveitl, J. / Schwalbe, H. / Heckel, A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Photoresponsive Formation of an Intermolecular Minimal G-Quadruplex Motif.
著者: Thevarpadam, J. / Bessi, I. / Binas, O. / Goncalves, D.P. / Slavov, C. / Jonker, H.R. / Richter, C. / Wachtveitl, J. / Schwalbe, H. / Heckel, A.
履歴
登録2015年12月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4227
ポリマ－6,3044
非ポリマー1173
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3')


分子量: 1576.104 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Tetramolecular G-quadruplex motif with a photoresponsive azobenzene linker
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-13C HSQC
1212D 1H-13C HMBC
1322D 1H-31P TOCSY
1422D 1H-1H P.E. COSY
1512D 1H-1H NOESY
1622D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1550 uM DNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3'), 25 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2550 uM DNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3'), 25 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
550 uMDNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3')-11
25 mMTris-HCl-21
50 mMKCl-31
550 uMDNA (5'-D(*GP*GP*(AZW)P*GP*G)-3')-42
25 mMTris-HCl-52
50 mMKCl-62
試料状態イオン強度: 71 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardデータ解析
Sparky3.114Goddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: simulated annealing with cartesian angle dynamics
NMR constraintsNOE constraints total: 193 / NOE intraresidue total count: 92 / NOE long range total count: 22 / NOE medium range total count: 1 / NOE sequential total count: 42
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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