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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n96 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | An unexpected mode of small molecule DNA binding provides the structural basis for DNA cleavage by the potent antiproliferative agent (-)-lomaiviticin A | ||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / diazofluorene / intercalator | 機能・相同性 | Chem-4JF / DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | Model details | minimized average structure, model1 | Model type details | minimized average | ![]() Woo, C.M. / Li, Z. / Paulson, E. / Herzon, S.B. | ![]() ![]() タイトル: Structural basis for DNA cleavage by the potent antiproliferative agent (-)-lomaiviticin A. 著者: Woo, C.M. / Li, Z. / Paulson, E.K. / Herzon, S.B. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-4JF / ( | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 24 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 297 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Agilent Direct Drive / 製造業者: Agilent / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 800 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 6 |