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万見
- PDB-2n8x: Solution structure of LptE from Pseudomonas Aerigunosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n8x
タイトルSolution structure of LptE from Pseudomonas Aerigunosa
要素LPS-assembly lipoprotein LptE
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LPS biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein like domain / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Double Stranded RNA Binding Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LPS-assembly lipoprotein LptE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Moehle, K. / Kocherla, H. / Jurt, S. / Robinson, J. / Zerbe, O. / Zerbe, K. / Bacsa, B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Solution Structure and Dynamics of LptE from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Moehle, K. / Kocherla, H. / Bacsa, B. / Jurt, S. / Zerbe, K. / Robinson, J.A. / Zerbe, O.
履歴
登録2015年10月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Structure summary
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4111
ポリマ－18,4111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量: 18411.461 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-183 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: lptE, PA3988, rlpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9HX32

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: NMR structure of LptE from Pseudomonas Aerigunosa
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1433D HNCO
1533D HN(CA)CB
1633D HN(COCA)CB
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY aliphatic
11023D 1H-13C NOESY aromatic
11123D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM 2H,13C,15N-labeled protein, 50 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 20 mM CHAPS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.35 mM 13C,15N-labeled protein, 50 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 20 mM CHAPS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
350 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
50 mMsodium phosphate-11
25 mMsodium chloride-21
20 mMCHAPS-31
50 mMsodium phosphate-42
25 mMsodium chloride-52
20 mMCHAPS-62
50 mMsodium phosphate-73
25 mMsodium chloride-83
試料状態イオン強度: 55 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
CYANA3.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2-1.39Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CARA1.9Keller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: protocol incorporating RDCs as sample protocol from NIH package
NMR constraintsNOE constraints total: 1913 / NOE intraresidue total count: 521 / NOE long range total count: 475 / NOE medium range total count: 300 / NOE sequential total count: 617
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.29 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 0.94 °
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.039 Å / Distance rms dev error: 0.003 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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