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- PDB-2n73: Solution structure of the ACBD3:PI4KB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n73
タイトルSolution structure of the ACBD3:PI4KB complex
要素
  • Golgi resident protein GCP60
  • Phosphatidylinositol 4-kinase beta
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE REGULATOR / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / rough endoplasmic reticulum membrane / fatty-acyl-CoA binding / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / steroid biosynthetic process / phosphatidylinositol biosynthetic process / lysosome organization / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling ...1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / rough endoplasmic reticulum membrane / fatty-acyl-CoA binding / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / steroid biosynthetic process / phosphatidylinositol biosynthetic process / lysosome organization / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / protein kinase A regulatory subunit binding / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / inner ear development / 14-3-3 protein binding / receptor-mediated endocytosis / kinase activity / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Golgi-dynamics membrane-trafficking / : / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / GOLD domain superfamily / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / GOLD domain / GOLD domain profile. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP ...: / Golgi-dynamics membrane-trafficking / : / PI4KB/PIK1, accessory (PIK) domain / Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / GOLD domain superfamily / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / GOLD domain / GOLD domain profile. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-kinase beta / Golgi resident protein GCP60 / Phosphatidylinositol 4-kinase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Veverka, V. / Hexnerova, R.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights and in vitro reconstitution of membrane targeting and activation of human PI4KB by the ACBD3 protein.
著者: Klima, M. / Toth, D.J. / Hexnerova, R. / Baumlova, A. / Chalupska, D. / Tykvart, J. / Rezabkova, L. / Sengupta, N. / Man, P. / Dubankova, A. / Humpolickova, J. / Nencka, R. / Veverka, V. / Balla, T. / Boura, E.
履歴
登録2015年9月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi resident protein GCP60
B: Phosphatidylinositol 4-kinase beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3032
ポリマ－16,3032
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)45 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Golgi resident protein GCP60 / Acyl-CoA-binding domain-containing protein 3 / Golgi complex-associated protein 1 / GOCAP1 / Golgi ...Acyl-CoA-binding domain-containing protein 3 / Golgi complex-associated protein 1 / GOCAP1 / Golgi phosphoprotein 1 / GOLPH1 / PBR- and PKA-associated protein 7 / Peripheral benzodiazepine receptor-associated protein PAP7


分子量: 8293.208 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 241-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACBD3, GCP60, GOCAP1, GOLPH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3P7
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase beta


分子量: 8010.131 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 5-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J1S8, UniProt: Q9UBF8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HN(CO)CA
1512D 1H-15N HSQC
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.47 mM [U-13C; U-15N] protein_2, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.47 mMprotein_1-1[U-13C; U-15N]1
0.47 mMprotein_2-2[U-13C; U-15N]1
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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