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- PDB-1jjg: Solution Structure of Myxoma Virus Protein M156R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jjg
タイトルSolution Structure of Myxoma Virus Protein M156R
要素M156R
キーワードVIRAL PROTEIN / beta barrel / S1 motif / OB Fold / MYXV156R / NESG PROJECT / STRUCTURAL GENOMICS / EIF-2a HOMOLOG / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta / M156R
機能・相同性情報
生物種Myxoma virus (ミクソーマウイルス)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Yee, A.A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Myxoma virus immunomodulatory protein M156R is a structural mimic of eukaryotic translation initiation factor eIF2alpha.
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Yee, A.A. / Liu, F. / Goshe, M.B. / Edwards, A.M. / Smith, R.D. / Arrowsmith, C.H. / Dever, T.E. / Kennedy, M.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: An NMR Approach to Structural Proteomics
著者: Yee, A. / Chang, X. / Pineda-Lucena, A. / Wu, B. / Semesi, A. / Le, B. / Ramelot, T. / Lee, G.M. / Bhattacharyya, S. / Gutierrez, P. / Denisov, A. / Lee, C.-H. / Cort, J.R. / Kozlov, G. / ...著者: Yee, A. / Chang, X. / Pineda-Lucena, A. / Wu, B. / Semesi, A. / Le, B. / Ramelot, T. / Lee, G.M. / Bhattacharyya, S. / Gutierrez, P. / Denisov, A. / Lee, C.-H. / Cort, J.R. / Kozlov, G. / Liao, J. / Finak, G. / Chen, L. / Wishart, D. / Lee, W. / McIntosh, L.P. / Kalle Gehring, K. / Kennedy, M.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2001年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M156R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9971
ポリマ－11,9971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 M156R


分子量: 11997.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxoma virus (strain Lausanne) (ウイルス)
属: Leporipoxvirus / 生物種: Myxoma virus / 株: Lausanne / 遺伝子: M156R / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-lamdaDE3 / 参照: UniProt: Q9Q8E9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1224D 13C/15N-separated NOESY
133HNHA
1442H EXCHANGE
155NH HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM M156R, U-15N, 13C; 25 mM phosphate buffer, pH 6.590% H2O/10% D2O
21 mM M156R, U-15N, 13C; 25 mM phosphate buffer, pH 6.199% D2O, 1% H2O
31 mM M156R, U-15N; 25 mM phosphate buffer, pH 6.590% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 450 mM NaCl, 25 mM Na2PO4 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian INOVAVarianINOVA5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.84Brunger構造決定
Felix98MSI解析
VNMRVariancollection
Sparky3.1Goddard, Knellerデータ解析
X-PLOR3.84Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 326 NOE-derived restraints, 66 dihedral angle restraints, 48 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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