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万見
- PDB-2n70: Two-fold symmetric structure of the 18-60 construct of S31N M2 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n70
タイトルTwo-fold symmetric structure of the 18-60 construct of S31N M2 from Influenza A in lipid bilayers
要素Matrix protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN / M2 / S31N / Influenza
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / suppression by virus of host autophagy / protein complex oligomerization / proton transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane ...: / : / suppression by virus of host autophagy / protein complex oligomerization / proton transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1640 / Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 2 / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法個体NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Andreas, L.B. / Reese, M. / Eddy, M.T. / Gelev, V. / Ni, Q. / Miller, E.A. / Emsley, L. / Pintacuda, G. / Chou, J.J. / Griffin, R.G.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Structure and Mechanism of the Influenza A M218-60 Dimer of Dimers.
著者: Andreas, L.B. / Reese, M. / Eddy, M.T. / Gelev, V. / Ni, Q.Z. / Miller, E.A. / Emsley, L. / Pintacuda, G. / Chou, J.J. / Griffin, R.G.
履歴
登録2015年9月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Other
改定 1.32017年8月9日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl / Item: _exptl.method
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1444
ポリマ－20,1444
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 33structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Matrix protein 2 / Proton channel protein M2


分子量: 5035.910 Da / 分子数: 4 / 変異: C19S, S31N, C50S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Udorn/307/1972 H3N2 / 遺伝子: M / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63231, UniProt: P0DOF5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D ZF-TEDOR
1213D ZF-TEDOR-RFDR
1312D HN
1413D (H) CaNH
1512D PAR
1612D PDSD
1712D ZF-TEDOR
1812D RFDR
1913D 1H-1H RFDR
11014D HCHHCH
11112D C-H

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
140 mM sodium phosphate, 30 mM glutamic acid, 3 mM sodium azide, 50 % 1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 50 % U-13C,15N matrix protein 2, H2OH2O
240 mM sodium phosphate, 30 mM glutamic acid, 3 mM sodium azide, 50 % 1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 50 % U-13C,15N-[12C,14N-ILFY] matrix protein 2, H2OH2O
340 mM sodium phosphate, 30 mM glutamic acid, 3 mM sodium azide, 50 % 1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 50 % [1-13C]-Glucose matrix protein 2, H2OH2O
440 mM sodium phosphate, 30 mM glutamic acid, 3 mM sodium azide, 50 % 1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 50 % [1,6-13C2]-Glucose matrix protein 2, H2OH2O
540 mM sodium phosphate, 30 mM glutamic acid, 3 mM sodium azide, 50 % aliphatic chain [U-2H] 1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 50 % U-13C,15N,2H-[12C,13C2H21H 1-Ile, 12C,13Ca,13C',13C2H21H 2-Leu, 12C,13C2H21H 2-Val] matrix protein 2, H2OH2O
640 mM sodium phosphate, 30 mM glutamic acid, 3 mM sodium azide, 50 % aliphatic chain [U-2H] 1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 50 % U-13C,15N,2H-[13CH3 1-Ile] matrix protein 2, H2OH2O
740 mM sodium phosphate, 30 mM glutamic acid, 3 mM sodium azide, 50 % aliphatic chain [U-2H] 1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 50 % U-13C,15N,2H-[13C2H21H 2-Leu, 13C2H21H 2-Val] matrix protein 2, H2OH2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
40 mMsodium phosphate-11
30 mMglutamic acid-21
3 mMsodium azide-31
50 %1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-41
50 %matrix protein 2-5U-13C,15N1
40 mMsodium phosphate-62
30 mMglutamic acid-72
3 mMsodium azide-82
50 %1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-92
50 %matrix protein 2-10U-13C,15N-[12C,14N-ILFY]2
40 mMsodium phosphate-113
30 mMglutamic acid-123
3 mMsodium azide-133
50 %1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-143
50 %matrix protein 2-15[1-13C]-Glucose3
40 mMsodium phosphate-164
30 mMglutamic acid-174
3 mMsodium azide-184
50 %1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-194
50 %matrix protein 2-20[1,6-13C2]-Glucose4
40 mMsodium phosphate-215
30 mMglutamic acid-225
3 mMsodium azide-235
50 %1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-24aliphatic chain [U-2H]5
50 %matrix protein 2-25U-13C,15N,2H-[12C,13C2H21H 1-Ile, 12C,13Ca,13C',13C2H21H 2-Leu, 12C,13C2H21H 2-Val]5
40 mMsodium phosphate-266
30 mMglutamic acid-276
3 mMsodium azide-286
50 %1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-29aliphatic chain [U-2H]6
50 %matrix protein 2-30U-13C,15N,2H-[13CH3 1-Ile]6
40 mMsodium phosphate-317
30 mMglutamic acid-327
3 mMsodium azide-337
50 %1,2-diphytanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-34aliphatic chain [U-2H]7
50 %matrix protein 2-35U-13C,15N,2H-[13C2H21H 2-Leu, 13C2H21H 2-Val]7
試料状態pH: 7.8 / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002
Bruker AvanceBrukerAVANCE10003
FBML Cambridge InstrumentsFBMLCambridge Instruments7504

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解析

NMR software
名称開発者分類
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 33 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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