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万見
- PDB-2n62: ddFLN5+110 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n62
タイトルddFLN5+110
要素gelation factor, secretion monitor chimera
キーワードTRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pseudopodium assembly / anterior cell cortex / Cell-extracellular matrix interactions / pseudopodium assembly / ISG15 antiviral mechanism / Platelet degranulation / sorocarp development / posterior cell cortex / chemotaxis to cAMP / lateral cell cortex ...regulation of pseudopodium assembly / anterior cell cortex / Cell-extracellular matrix interactions / pseudopodium assembly / ISG15 antiviral mechanism / Platelet degranulation / sorocarp development / posterior cell cortex / chemotaxis to cAMP / lateral cell cortex / phototaxis / macropinocytic cup / RHO GTPases activate PAKs / protein kinase B binding / actin crosslink formation / thermotaxis / hyperosmotic response / mitogen-activated protein kinase binding / lamellipodium assembly / cortical actin cytoskeleton / cell leading edge / pseudopodium / phagocytic cup / phagocytosis / response to cAMP / translation regulator activity / extracellular matrix / cell motility / small GTPase binding / actin filament binding / cell migration / regulation of translation / actin cytoskeleton organization / cell cortex / periplasmic space / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Secretion monitor / Secretion monitor precursor protein (SecM) / Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. ...Secretion monitor / Secretion monitor precursor protein (SecM) / Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Gelation factor / Secretion monitor
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Cabrita, L.D. / Cassaignau, A.M.E. / Launay, H.M.M. / Waudby, C.A. / Camilloni, C. / Robertson, A.L. / Wang, X. / Wlodarski, T. / Wentink, A.S. / Vendruscolo, M. ...Cabrita, L.D. / Cassaignau, A.M.E. / Launay, H.M.M. / Waudby, C.A. / Camilloni, C. / Robertson, A.L. / Wang, X. / Wlodarski, T. / Wentink, A.S. / Vendruscolo, M. / Dobson, C.M. / Christodoulou, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A structural ensemble of a ribosome-nascent chain complex during cotranslational protein folding.
著者: Cabrita, L.D. / Cassaignau, A.M. / Launay, H.M. / Waudby, C.A. / Wlodarski, T. / Camilloni, C. / Karyadi, M.E. / Robertson, A.L. / Wang, X. / Wentink, A.S. / Goodsell, L.S. / Woolhead, C.A. / ...著者: Cabrita, L.D. / Cassaignau, A.M. / Launay, H.M. / Waudby, C.A. / Wlodarski, T. / Camilloni, C. / Karyadi, M.E. / Robertson, A.L. / Wang, X. / Wentink, A.S. / Goodsell, L.S. / Woolhead, C.A. / Vendruscolo, M. / Dobson, C.M. / Christodoulou, J.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: gelation factor, secretion monitor chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4211
ポリマ－23,4211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)3 / 1500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 gelation factor, secretion monitor chimera / ddFLN5+110


分子量: 23420.723 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum, Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13466, UniProt: P62395
配列の詳細PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 646-839 OF P13466 LINKED TO RESIDUES 150-166 OF P62395.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structural ensemble of ddFLN5+110 RNC: 3 representative ground state structures
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N SOFAST HMQC
1222D 1H-13C HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 uM [U-15N] ddFLN5+110, 10 mM HEPES, 30 mM ammonium chloride, 12 mM MgCl2, 2 mM BME, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
210 uM [U-100% 2H, Ile d1-13CH3] ddFLN5+110, 10 mM [U-2H] HEPES, 30 mM [U-2H] ammonium chloride, 12 mM [U-2H] MgCl2, 2 mM [U-2H] BME, 1 mM [U-2H] EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 uMddFLN5+110-1[U-15N]1
10 mMHEPES-21
30 mMammonium chloride-31
12 mMMgCl2-41
2 mMBME-51
1 mMEDTA-61
10 uMddFLN5+110-7[U-100% 2H, Ile d1-13CH3]2
10 mMHEPES-8[U-2H]2
30 mMammonium chloride-9[U-2H]2
12 mMMgCl2-10[U-2H]2
2 mMBME-11[U-2H]2
1 mMEDTA-12[U-2H]2
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
GROMACS5.0.4GROMACSstructure calculation using molecular dynamics simulations with chemical shifts restraints
GROMACS精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1500 / 登録したコンフォーマーの数: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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