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- PDB-2n3v: Solution structure of the Rpn1 T1 site with K48-linked diubiquiti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3v
タイトルSolution structure of the Rpn1 T1 site with K48-linked diubiquitin in the extended binding mode
要素
  • 26S proteasome regulatory subunit RPN1
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


response to insecticide / proteasome regulatory particle, base subcomplex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation ...response to insecticide / proteasome regulatory particle, base subcomplex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / regulation of protein catabolic process / proteasome storage granule / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Ub-specific processing proteases / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / enzyme regulator activity / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Neutrophil degranulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / cytosolic ribosome / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / proteasome complex / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / Josephin domain DUBs / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway
類似検索 - 分子機能
26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / Proteasome/cyclosome repeat / Proteasome/cyclosome repeat / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e ...26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / Proteasome/cyclosome repeat / Proteasome/cyclosome repeat / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Armadillo-like helical / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome regulatory subunit RPN1 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, X. / Walters, K.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Rpn1 provides adjacent receptor sites for substrate binding and deubiquitination by the proteasome.
著者: Shi, Y. / Chen, X. / Elsasser, S. / Stocks, B.B. / Tian, G. / Lee, B.H. / Shi, Y. / Zhang, N. / de Poot, S.A. / Tuebing, F. / Sun, S. / Vannoy, J. / Tarasov, S.G. / Engen, J.R. / Finley, D. / Walters, K.J.
履歴
登録2015年6月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26S proteasome regulatory subunit RPN1
B: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
C: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7903
ポリマ－30,7903
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16140 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN1 / HMG-CoA reductase degradation protein 2 / Proteasome non-ATPase subunit 1


分子量: 13636.592 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 482-612 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPN1, HRD2, NAS1, RPD1, YHR027C / プラスミド: Pgex4t1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38764
#2: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1 / Ubiquitin / 60S ribosomal protein L40


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA52, UBCEP2 / プラスミド: Pet3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62987
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
2212D 1H-13C HSQC aliphatic
3313D 1H-13C NOESY aliphatic
4413D 13C-HALF FILTER NOESY
5514D HMQC-NOESY-HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.3 MM [U-100% 15N] PROTEIN_1, 0.04-1.2 MM PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 95% H2O/5% D2O
20.08-0.3 MM PROTEIN_1, 0.3 MM [U-100% 15N] PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 95% H2O/ 5% D2O
30.06-0.5 MM PROTEIN_1, 0.5 MM [U-13C] PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 100% D2O
40.6 MM [U-13C] PROTEIN_1, 0.6 MM PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 100% D2O
50.5 MM PROTEIN_ 1, 0.5 MM [U-13C] PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 100% D2O
60.6 MM [U-13C] PROTEIN_1, 0.12-0.6 MM PROTEIN_2, 50 MM HEPES, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM EDTA, 2 MM DTT, 0.1 % SODIUM AZIDE, 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.3 mMentity_1-1[U-100% 15N]1
mMentity_2-20.04-1.21
50 mMHEPES-31
50 mMsodium chloride-41
1 mMEDTA-51
2 mMDTT-61
0.1 %sodium azide-71
mMentity_1-80.08-0.32
0.3 mMentity_2-9[U-100% 15N]2
50 mMHEPES-102
50 mMsodium chloride-112
1 mMEDTA-122
2 mMDTT-132
0.1 %sodium azide-142
mMentity_1-150.06-0.53
0.5 mMentity_2-16[U-13C]3
50 mMHEPES-173
50 mMsodium chloride-183
1 mMEDTA-193
2 mMDTT-203
0.1 %sodium azide-213
0.6 mMentity_1-22[U-13C]4
0.6 mMentity_2-234
50 mMHEPES-244
50 mMsodium chloride-254
1 mMEDTA-264
2 mMDTT-274
0.1 %sodium azide-284
0.5 mMentity_1-295
0.5 mMentity_2-30[U-13C]5
50 mMHEPES-315
50 mMsodium chloride-325
1 mMEDTA-335
2 mMDTT-345
0.1 %sodium azide-355
0.6 mMentity_1-36[U-13C]6
mMentity_2-370.12-0.66
50 mMHEPES-386
50 mMsodium chloride-396
1 mMEDTA-406
2 mMDTT-416
0.1 %sodium azide-426
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIHSCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ精密化
TopSpin構造決定
NMRPipe構造決定
XEASY構造決定
X-PLOR NIHNIH構造決定
TALOS構造決定
PROCHECKNMR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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