[日本語] English
万見
- PDB-2n31: Tom1 negatively modulates binding of Tollip to phosphatidylinosit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n31
タイトルTom1 negatively modulates binding of Tollip to phosphatidylinositol 3-phosphate via a coupled folding and binding mechanism
要素Toll interacting protein variant
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1, type I receptor binding / leukocyte activation / protein localization to endosome / Toll-like receptor binding / SUMO binding / positive regulation of protein sumoylation / phosphorylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane ...interleukin-1, type I receptor binding / leukocyte activation / protein localization to endosome / Toll-like receptor binding / SUMO binding / positive regulation of protein sumoylation / phosphorylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / epithelial cell differentiation / ubiquitin binding / autophagy / kinase binding / specific granule lumen / Interleukin-1 signaling / azurophil granule lumen / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / early endosome / nuclear body / inflammatory response / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toll-interacting protein, C2 domain / Toll-interacting protein, CUE domain / CUE domain / Domain that may be involved in binding ubiquitin-conjugating enzymes (UBCs) / Ubiquitin system component CUE / CUE domain profile. / UBA-like superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain ...Toll-interacting protein, C2 domain / Toll-interacting protein, CUE domain / CUE domain / Domain that may be involved in binding ubiquitin-conjugating enzymes (UBCs) / Ubiquitin system component CUE / CUE domain profile. / UBA-like superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-interacting protein / Toll-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Xiao, S. / Armstrong, G. / Capelluto, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Tom1 Modulates Binding of Tollip to Phosphatidylinositol 3-Phosphate via a Coupled Folding and Binding Mechanism.
著者: Xiao, S. / Brannon, M.K. / Zhao, X. / Fread, K.I. / Ellena, J.F. / Bushweller, J.H. / Finkielstein, C.V. / Armstrong, G.S. / Capelluto, D.G.
履歴
登録2015年5月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toll interacting protein variant


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1321
ポリマ－6,1321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Toll interacting protein variant


分子量: 6131.818 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 32-53 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59FB9, UniProt: Q9H0E2*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CO
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細内容: 0.8-1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TBD, 1.0-1.2 mM GAT, 50 uM DSS, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM potassium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMTBD-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.8-1.01
mMGAT-21.0-1.21
50 uMDSS-31
20 mMTRIS-4[U-2H]1
50 mMpotassium chloride-51
1 mMDTT-6[U-2H]1
1 mMsodium azide-71
試料状態イオン強度: 70 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian DD2VarianDD29001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
RosettaShen, Vernon, Baker and Bax構造決定
RosettaShen, Vernon, Baker and Bax解析
RosettaShen, Vernon, Baker and Bax構造検証
RosettaShen, Vernon, Baker and Baxデータ解析
RosettaShen, Vernon, Baker and Baxcollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造検証
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxcollection
PSVSBhattacharya and Montelione構造決定
PSVSBhattacharya and Montelione解析
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelionecollection
SparkyGoddard構造決定
SparkyGoddard解析
SparkyGoddard構造検証
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardcollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造検証
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxcollection
TopSpinBruker Biospin構造決定
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospin構造検証
TopSpinBruker Biospinデータ解析
Shen, Vernon, Baker, BaxBruker Biospincollection
RosettaShen, Vernon, Baker and Bax精密化
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る