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万見
- PDB-2mxc: Solution structure of the full length sorting nexin 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mxc
タイトルSolution structure of the full length sorting nexin 3
要素Sorting nexin-3
キーワードPROTEIN TRANSPORT / PI3P / SNX3 / membrane / endosome
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of early endosome to late endosome transport / late endosome to Golgi transport / negative regulation of protein transport / protein to membrane docking / membrane invagination / WNT ligand biogenesis and trafficking / intralumenal vesicle formation / retromer complex binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex ...negative regulation of early endosome to late endosome transport / late endosome to Golgi transport / negative regulation of protein transport / protein to membrane docking / membrane invagination / WNT ligand biogenesis and trafficking / intralumenal vesicle formation / retromer complex binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex / host-mediated suppression of symbiont invasion / early phagosome / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / regulation of Wnt signaling pathway / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / clathrin-coated vesicle / negative regulation of phagocytosis / response to bacterium / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / protein transport / early endosome membrane / protein phosphatase binding / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vertebrate SNX3, PX domain / : / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Lenoir, M.M.L. / Rajesh, S.S.R. / Gruenberg, J.J.G. / Overduin, M.M.O. / Kaur, J.J.K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Phosphorylation of conserved phosphoinositide binding pocket regulates sorting nexin membrane targeting.
著者: Lenoir, M. / Ustunel, C. / Rajesh, S. / Kaur, J. / Moreau, D. / Gruenberg, J. / Overduin, M.
履歴
登録2014年12月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9481
ポリマ－19,9481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-3 / Protein SDP3


分子量: 19947.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60493

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: The solution structure of SNX3
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC/HMQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HNCO
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D HNCO
1813D HN(CA)CO
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-13C NOESY
11113D 1H-15N NOESY
11212D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SNX3FL, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: SNX3FL-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: 1.000 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UnityInova / 製造業者: Varian / モデル: UnityInova / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.2CCPNchemical shift calculation
CcpNmr Analysis2.2CCPNデータ解析
CcpNmr Analysis2.2CCPN構造決定
CcpNmr Analysis2.2Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift calculation
CcpNmr Analysis2.2Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
CcpNmr Analysis2.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CcpNmr Analysis2.2CCPNchemical shift calculation
CcpNmr Analysis2.2CCPNデータ解析
CcpNmr Analysis2.2CCPN構造決定
CcpNmr Analysis2.2Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift calculation
CcpNmr Analysis2.2Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
CcpNmr Analysis2.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ARIA精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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