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万見
- PDB-2mwh: NMR solution structure of ligand-free OAA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mwh
タイトルNMR solution structure of ligand-free OAA
要素Anti-HIV lectin OAA
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN / PROTEIN BINDING / SUGAR BINDING PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex
機能・相同性Lipocalin - #450 / OAA-family lectin sugar binding domain / : / OAA-family lectin sugar binding domain / D-mannose binding / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / Lectin OAA
機能・相同性情報
生物種Planktothrix agardhii (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Lee, D. / Carneiro, M.G. / Koharudin, L.M. / Griesinger, C. / Gronenborn, A.M. / Ban, D. / Sabo, T. / Trigo-Mourino, P. / Mazur, A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Sampling of Glycan-Bound Conformers by the Anti-HIV Lectin Oscillatoria agardhii agglutinin in the Absence of Sugar.
著者: Carneiro, M.G. / Koharudin, L.M. / Ban, D. / Sabo, T.M. / Trigo-Mourino, P. / Mazur, A. / Griesinger, C. / Gronenborn, A.M. / Lee, D.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-HIV lectin OAA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9311
ポリマ－13,9311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Anti-HIV lectin OAA


分子量: 13930.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planktothrix agardhii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84330*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC aliphatic
1332D 1H-13C HSQC aromatic
1423D HNCA
1523D HNCO
1633D (H)CCH-TOCSY
1723D 1H-15N NOESY
1823D 1H-13C NOESY aliphatic
1923D 1H-13C NOESY aromatic
11022D 1H-15N IPAP-HSQC
11112D 1H-15N IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1500 uM [U-100% 15N] OAA, 20 mM sodium chloride, 20 mM sodium acetate, 3 mM sodium azide, 5 % w/w (C8E5/water) N-octylpentaoxyethylene, 0.87 molar ratio C8E5/octanol octanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] OAA, 20 mM sodium chloride, 20 mM sodium acetate, 3 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
32 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] OAA, 20 mM sodium chloride, 20 mM sodium acetate, 3 mM sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMOAA-1[U-100% 15N]1
20 mMsodium chloride-21
20 mMsodium acetate-31
3 mMsodium azide-41
5 %N-octylpentaoxyethylene-51
0.87 %octanol-61
2 mMOAA-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium chloride-82
20 mMsodium acetate-92
3 mMsodium azide-102
2 mMOAA-11[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium chloride-123
20 mMsodium acetate-133
3 mMsodium azide-143
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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