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万見
- PDB-2mv7: Solution NMR structure of DOT1L in complex with AF9 (DOT1L-AF9) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mv7
タイトルSolution NMR structure of DOT1L in complex with AF9 (DOT1L-AF9)
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
  • Protein AF-9
キーワードProtein Binding/Transferase / MIXED LINEAGE LEUKEMIA / LEUKEMIA / Protein Binding-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT ...modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / anterior/posterior pattern specification / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / hematopoietic stem cell differentiation / subtelomeric heterochromatin formation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / telomere organization / DNA damage checkpoint signaling / transcription elongation factor complex / : / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / PKMTs methylate histone lysines / chromosome / gene expression / methylation / molecular adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / histone binding / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / Histone H3-K79 methyltransferase, metazoa / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / : / YEATS superfamily ...AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / Histone H3-K79 methyltransferase, metazoa / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AF-9 / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, SIMULATED ANNEALING, SIMULATED ANNEALING
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kuntimaddi, A. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Degree of Recruitment of DOT1L to MLL-AF9 Defines Level of H3K79 Di- and Tri-methylation on Target Genes and Transformation Potential.
著者: Kuntimaddi, A. / Achille, N.J. / Thorpe, J. / Lokken, A.A. / Singh, R. / Hemenway, C.S. / Adli, M. / Zeleznik-Le, N.J. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2014年9月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8142
ポリマ－10,8142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 8147.218 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 500-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PETDUET-1 / 遺伝子: AF9, MLLT3, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 DE3 / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / DOT1-like protein / Histone H3-K79 methyltransferase / H3-K79-HMTase / Lysine N-methyltransferase 4


分子量: 2667.113 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 877-900 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PETDUET-1 / 遺伝子: DOT1L, KIAA1814, KMT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 DE3 / 参照: UniProt: Q8TEK3, histone-lysine N-methyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D HNHA
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
11333D HNCO IPAP
11413D HNCO IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLIC ACID, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLAMIDE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
3750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLIC ACID, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLAMIDE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
750 uMPROTEIN AF-9-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
750 uMHISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
9.3 mMBIS-TRIS-31
15.8 mMMES-41
100 mMSODIUM CHLORIDE-51
1 mMDTT-61
750 mMPROTEIN AF-9-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
750 mMHISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC-8[U-100% 13C; U-100% 15N]2
9.3 mMBIS-TRIS-92
15.8 mMMES-102
100 mMSODIUM CHLORIDE-112
1 mMDTT-122
3.5 %(3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE-132
3.5 %ACRYLIC ACID-142
750 mMPROTEIN AF-9-15[U-100% 13C; U-100% 15N]2
750 mMHISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC-16[U-100% 13C; U-100% 15N]2
9.3 mMBIS-TRIS-172
15.8 mMMES-182
100 mMSODIUM CHLORIDE-192
1 mMDTT-202
3.5 %(3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE-212
3.5 %ACRYLAMIDE-222
750 mMPROTEIN AF-9-23[U-100% 13C; U-100% 15N]3
750 mMHISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC-24[U-100% 13C; U-100% 15N]3
9.3 mMBIS-TRIS-253
15.8 mMMES-263
100 mMSODIUM CHLORIDE-273
1 mMDTT-283
3.5 %(3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE-293
3.5 %ACRYLIC ACID-303
750 mMPROTEIN AF-9-31[U-100% 13C; U-100% 15N]3
750 mMHISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC-32[U-100% 13C; U-100% 15N]3
9.3 mMBIS-TRIS-333
15.8 mMMES-343
100 mMSODIUM CHLORIDE-353
1 mMDTT-363
3.5 %(3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE-373
3.5 %ACRYLAMIDE-383
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
BRUKER AVANCEBrukerAVANCE6001
VARIAN INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR_NIH_2.34SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ精密化
X-PLOR_NIH_2.34SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ構造決定
CYANA_2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
SparkyGoddard構造決定
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddard精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxcollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
VnmrJVariancollection
精密化手法: simulated annealing, SIMULATED ANNEALING, SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: FIRST ROUND OF STRUCTURE CALCULATION/REFINEMENT WAS CONDUCTED WITH DISTANCE AND DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS ONLY USING HIGH TEMPERATURE ANNEALING. FINAL ROUND OF REFINEMENT INCLUDED RDCS USING ...詳細: FIRST ROUND OF STRUCTURE CALCULATION/REFINEMENT WAS CONDUCTED WITH DISTANCE AND DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS ONLY USING HIGH TEMPERATURE ANNEALING. FINAL ROUND OF REFINEMENT INCLUDED RDCS USING LOW TEMPERATURE ANNEALING., FIRST ROUND WITH DISTANCE AND DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS ONLY WITH HIGH TEMPERATURE ANNEALING., FINAL ROUND OF REFINEMENT WITH RDCS WITH LOW TEMPERATURE ANNEALING.
NMR constraintsNOE constraints total: 1667 / NOE intraresidue total count: 821 / NOE long range total count: 230 / NOE medium range total count: 216 / NOE sequential total count: 400
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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