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万見
- PDB-2mt3: Structure of -24 DNA binding domain of sigma 54 from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mt3
タイトルStructure of -24 DNA binding domain of sigma 54 from E.coli
要素RNA polymerase sigma-54 factor
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / nitrate assimilation / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell motility ...arginine metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / nitrate assimilation / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cell motility / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma-54 factor / RNA polymerase sigma-54 factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / na
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wemmer, D. / Gao, Z. / Pelton, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of -24 DNA binding domain of sigma 54 from E.coli
著者: Gao, Z. / Pelton, J. / Wemmer, D.
履歴
登録2014年8月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma-54 factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1601
ポリマ－9,1601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma-54 factor


分子量: 9160.482 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 414-477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rpoN, BN17_31451, BU34_12270, CF57_03485, CF58_26305, CF59_26290, CF60_25835, CF61_04260, ECs4081, LF82_1964
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SS82, UniProt: P24255*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D H(CCO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D HNHA
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-15N TOCSY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D (H)CCH-COSY
11313D HCACO
11413D HNCO

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試料調製

詳細内容: 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMsodium phosphate-11
200 mMsodium chloride-21
1 mMDTT-31
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA精密化
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 539 / NOE intraresidue total count: 202 / NOE long range total count: 33 / NOE medium range total count: 104 / NOE sequential total count: 200
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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