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- PDB-1zmz: Solution structure of the N-terminal domain (M1-S98) of human cen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zmz
タイトルSolution structure of the N-terminal domain (M1-S98) of human centrin 2
要素Centrin-2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / human centrins / EF-hand domains / Ca2+ binding / solution structure / self-associations
機能・相同性
機能・相同性情報


XPC complex / photoreceptor connecting cilium / heterotrimeric G-protein binding / transcription export complex 2 / nuclear pore nuclear basket / sperm principal piece / centriole replication / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / mRNA export from nucleus / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...XPC complex / photoreceptor connecting cilium / heterotrimeric G-protein binding / transcription export complex 2 / nuclear pore nuclear basket / sperm principal piece / centriole replication / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / mRNA export from nucleus / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / centriole / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / sperm midpiece / AURKA Activation by TPX2 / regulation of cytokinesis / nucleotide-excision repair / microtubule cytoskeleton organization / DNA Damage Recognition in GG-NER / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / apical part of cell / Formation of Incision Complex in GG-NER / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / protein transport / ciliary basal body / spermatogenesis / microtubule binding / cell division / centrosome / calcium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...: / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Yang, A. / Miron, S. / Duchambon, P. / Assairi, L. / Blouquit, Y. / Craescu, C.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The N-terminal domain of human centrin 2 has a closed structure, binds calcium with a very low affinity, and plays a role in the protein self-assembly
著者: Yang, A. / Miron, S. / Duchambon, P. / Assairi, L. / Blouquit, Y. / Craescu, C.T.
履歴
登録2005年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1301
ポリマ－11,1301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Centrin-2 / Caltractin isoform 1


分子量: 11129.856 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (M1-S98) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CETN2, CALT, CEN2 / プラスミド: pETblue / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner DE3placI / 参照: UniProt: P41208

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
1423D 15N NOESY-HSQC, TOCSY-HSQC
1522D 15N HSQC
1632D DQF-COSY, TOCSY, NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.7-1.5 mM N-term Human centrin 2, 20mM Tris buffer; 93% H2O, 7% D2O,
21 mM N-term Human centrin 2 U-15N; 20mM Tris buffer; 93% H2O 7% D2O,
31 mM N-term Human centrin 2, 20mM Tris buffer; 100% D2O,
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software名称: Discover / バージョン: 2.98 / 分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1245 restraints, 1159 are NOE-derived distance constraints, 50 dihedral angle restraints,36 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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