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- PDB-2msp: MAJOR SPERM PROTEIN, BETA ISOFORM, ENGINEERED C59S/T90C MUTANT, P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2msp
タイトルMAJOR SPERM PROTEIN, BETA ISOFORM, ENGINEERED C59S/T90C MUTANT, PUTATIVE SUBFILAMENT STRUCTURE, PH 8.5
要素MAJOR SPERM PROTEIN
キーワードCELL MOTILITY PROTEIN / CYTOSKELETAL PROTEIN / NEMATODE SPERM CELL MOTILITY PROTEIN / FILAMENTOUS PROTEIN STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudopodium / cytoskeleton / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Major sperm protein (MSP) domain / MSP (Major sperm protein) domain / Major sperm protein (MSP) domain profile. / PapD-like superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major sperm protein isoform beta
類似検索 - 構成要素
生物種Ascaris suum (かいちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Bullock, T.L. / Mccoy, A.J. / Stewart, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structural basis for amoeboid motility in nematode sperm.
著者: Bullock, T.L. / McCoy, A.J. / Kent, H.M. / Roberts, T.M. / Stewart, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: 2.5 A Resolution Crystal Structure of the Motile Major Sperm Protein (Msp) of Ascaris Suum
著者: Bullock, T.L. / Roberts, T.M. / Stewart, M.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Worm Sperm and Advances in Cell Locomotion
著者: Theriot, J.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of the Motile Major Sperm Protein (Msp) of the Nematode Ascaris Suum
著者: Stewart, M. / King, K.L. / Roberts, T.M.
履歴
登録1997年12月19日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR SPERM PROTEIN
B: MAJOR SPERM PROTEIN
C: MAJOR SPERM PROTEIN
D: MAJOR SPERM PROTEIN
E: MAJOR SPERM PROTEIN
F: MAJOR SPERM PROTEIN
G: MAJOR SPERM PROTEIN
H: MAJOR SPERM PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9678
ポリマ－112,9678
非ポリマー00
水00
1
A: MAJOR SPERM PROTEIN
B: MAJOR SPERM PROTEIN
C: MAJOR SPERM PROTEIN
D: MAJOR SPERM PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4844
ポリマ－56,4844
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: MAJOR SPERM PROTEIN
F: MAJOR SPERM PROTEIN
G: MAJOR SPERM PROTEIN
H: MAJOR SPERM PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4844
ポリマ－56,4844
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.660, 79.660, 463.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
MAJOR SPERM PROTEIN / MSP


分子量: 14120.876 Da / 分子数: 8 / 変異: C59S, T90C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BETA ISOFORM / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / 株: BL21 (DE3) / Cell: SPERM CELL / 細胞株: BL21 / 遺伝子: BETA MSP C59S/T90C / プラスミド: PET11D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): BETA MSP C59S/T90C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P27440

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.21 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 16% PEG 6000, 80MM AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS - HCL, PH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
240 mMammonium sulfate1drop
35 mMTris-HCl1drop
41 mMdithiothreitol1drop
516 %PEG60001reservoir
680 mMammonium sulfate1reservoir
7100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: OPTICS
放射モノクロメーター: MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 23854 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 5.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 279016

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
MLPHARE位相決定
SOLOMON位相決定
TNT5D精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 1MSP

1msp


解像度: 3.3→10 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1183 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.22 23060 --
obs0.22 23060 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: DEFAULT METHOD OF TNT / Bsol: 294 Å2 / ksol: 0.05 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7824 0 0 0 7824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02180080.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2108003
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01711520.02
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.03530210
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.263
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_restr0.0170.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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