PDB-2ms6: Human Telomeric G-quadruplex DNA sequence (TTAGGGT)4 complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ms6

タイトル

Human Telomeric G-quadruplex DNA sequence (TTAGGGT)4 complexed with Flavonoid Quercetin

要素

DNA_(5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

キーワード

DNA / DNA G-quadruplex / quercetin / telomeric sequence

機能・相同性

3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Kumar, A. / Tawani, A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Insight into the interaction of Flavonoids with Human Telomeric Sequence
著者: Tawani, A. / Kumar, A.

履歴

登録	2014年7月24日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ms6.cif.gz	31.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ms6.ent.gz	19.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ms6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2ms6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2ms6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ms5
類似構造データ	4coc-3 201d-d 5ttb-d 4ow1-3 2g2l-2 2jts-d 2awx-2 2xnq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25107

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA_(5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

B: DNA_(5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

C: DNA_(5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

D: DNA_(5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

ヘテロ分子

9.28 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	DNA_(5'-D(TPTPAPGPGPGPT)-3') 分子量: 2168.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-QUE / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / QUERCETIN / クエルセチン分子量: 302.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₇

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2.25 mM DNA (5'-D(TPTPAPGPGPGPT)-3')-1, 90% H2O/10% D2O 溶媒系*: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2.25 mM / 構成要素: DNA (5'-D(TPTPAPGPGPGP*T)-3')-1
試料状態	イオン強度: 0.1 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	400	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	Accelrys Software Inc.	構造決定
Discover		精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)