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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ms0 | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure pf tRNApro:MLV-Nucleocapsid (1:2) Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex / RETROVIRAL PRIMER ANNEALING / NUCLEOCAPSID CHAPERONE / PRIMER BINDING SITE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry | ||||||
Model details | minimized average structure, model1 | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | D'Souza, V. / Yildiz, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: A structure-based mechanism for tRNA and retroviral RNA remodelling during primer annealing. 著者: Miller, S.B. / Yildiz, F.Z. / Lo, J.A. / Wang, B. / D'Souza, V.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ms0.cif.gz | 806.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ms0.ent.gz | 667 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ms0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ms0_validation.pdf.gz | 438.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ms0_full_validation.pdf.gz | 628.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ms0_validation.xml.gz | 43.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ms0_validation.cif.gz | 61.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2ms0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2ms0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6377.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03355 #2: RNA鎖 | | 分子量: 22944.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription 由来: (合成) Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス) #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.5 mM NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 10mM Tris, 1mM MgCl2, 10mM NaCl / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 311 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |