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万見
- PDB-2mqh: Solution structure of the Chlamydomonas reinhardtii NAB1 cold sho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mqh
タイトルSolution structure of the Chlamydomonas reinhardtii NAB1 cold shock domain, CSD1
要素Nucleic acid binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein / cold shock domain / RNA-binding / Chlamydomonas reinhardtii / algae
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative nucleic acid binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Sawyer, A. / Mobli, M.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Solution structure of the RNA-binding cold-shock domain of the Chlamydomonas reinhardtii NAB1 protein and insights into RNA recognition.
著者: Sawyer, A.L. / Landsberg, M.J. / Ross, I.L. / Kruse, O. / Mobli, M. / Hankamer, B.
#2: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2005
タイトル: NAB1 is an RNA binding protein involved in the light-regulated differential expression of the light-harvesting antenna of Chlamydomonas reinhardtii
著者: Mussgnug, J. / Wobbe, L. / Elles, I. / Claus, C. / Hamilton, M. / Fink, A. / Kahmann, U. / Kapazoglou, A. / Mullineaux, C. / Hippler, M. / Nickelsen, J. / Nixon, P. / Kruse, O.
履歴
登録2014年6月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleic acid binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9981
ポリマ－8,9981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nucleic acid binding protein / Putative nucleic acid binding protein


分子量: 8997.812 Da / 分子数: 1 / 断片: cold shock domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLREDRAFT_126810, Nab1, NAB1 nucleic acid binding protein
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GV23

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D HN(CA)CB
1313D HNCO
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY aliphatic
1612D 1H-15N HSQC
2713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-13C NOESY aromatic
NMR実験の詳細Text: All non NOE 3D experiments acquired using NUS and processed using MaxEnt.

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試料調製

詳細内容: 267 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] NAB1 cold shock domain, 20 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
267 uMNAB1 cold shock domain-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
300 mMsodium chloride-31
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.37ambient atm298 K
20.37ambient atm303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr2.4.0CCPNデータ解析
CcpNmr2.4.0CCPNchemical shift assignment
CcpNmr2.4.0CCPNpeak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
Rowland_NMR_Toolkit3A. Stern, J. C. Hoch解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Automated noe assignment
NMR constraintsNOE constraints total: 679 / NOE intraresidue total count: 192 / NOE long range total count: 194 / NOE medium range total count: 33 / NOE sequential total count: 260
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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