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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2mqc
タイトル
NMR structure of the protein BVU_0925 from Bacteroides vulgatus ATCC 8482
要素
Uncharacterized protein
キーワード
structural genomics / unknown function / human gut microbiome secreted protein / BACON protein family / PSI-Biology / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
内容: 1.2 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1.2mM
entity-1
[U-99% 13C; U-98% 15N]
1
20mM
sodium phosphate-2
1
50mM
sodium chloride-3
1
5mM
sodium azide-4
1
試料状態
イオン強度: 0.0798 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 308 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
1
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
800
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
CYANA
GuntertP.
精密化
CYANA
GuntertP.
geometryoptimization
OPAL
Luginbuhl, Guntert, BilleterandWuthrich
精密化
OPAL
Luginbuhl, Guntert, BilleterandWuthrich
geometryoptimization
TopSpin
3.1
BrukerBiospin
collection
TopSpin
3.1
BrukerBiospin
解析
CARA
KellerandWuthrich
データ解析
CARA
KellerandWuthrich
chemicalshiftassignment
j-UNIO
Herrmann, GuntertandWuthrich
peakpicking
j-UNIO
Herrmann, GuntertandWuthrich
chemicalshiftassignment
j-UNIO
Herrmann, GuntertandWuthrich
構造決定
精密化
手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraints
NOE constraints total: 1375 / NOE intraresidue total count: 343 / NOE long range total count: 505 / NOE medium range total count: 115 / NOE sequential total count: 412
代表構造
選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20