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- PDB-1p25: Crystal structure of nickel(II)-d(GGCGCC)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p25
タイトルCrystal structure of nickel(II)-d(GGCGCC)2
要素5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
キーワードDNA / B-DNA / nickel binding
機能・相同性NICKEL (II) ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Labiuk, S.L. / Delbaere, L.T. / Lee, J.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2003
タイトル: Cobalt(II), nickel(II) and zinc(II) do not bind to intra-helical N(7) guanine positions in the B-form crystal structure of d(GGCGCC)
著者: Labiuk, S.L. / Delbaere, L.T. / Lee, J.S.
履歴
登録2003年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,34410
ポリマ－9,0515
非ポリマー2935
水45025
1
A: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7384
ポリマ－3,6202
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
2
B: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7384
ポリマ－3,6202
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7384
ポリマ－3,6202
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.99, 68.99, 56.18
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by AlphaDNA (Quebec, PQ, Canada)
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: DNA, TAPS-HCl, NiCl2, MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Taps-HCl11
2NiCl211
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12 mMhexamer1drop
240 mMTAPS-HCl1droppH8.0
33.75 mM1dropNiCl2
410 %1drop
540 mMTAPS-HCl1reservoirpH8.0
63.75 mM1reservoirNiCl2
735 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→26 Å / Num. all: 3217 / Num. obs: 3217 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 80.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. measured all: 180742 / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY BD0040

解像度: 2.9→15 Å / Isotropic thermal model: Grouped B-values / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 261 9 %random
Rwork0.223 ---
all0.2281 2924 --
obs0.228 2706 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 940 5 25 970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.996
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d32.665
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.305
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg32.665
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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