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万見
- PDB-2mpw: Solution structure of the LysM region of the E. coli Intimin peri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mpw
タイトルSolution structure of the LysM region of the E. coli Intimin periplasmic domain
要素Intimin
キーワードPEPTIDOGLYCAN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Intimin, C-terminal / : / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain ...Intimin, C-terminal / : / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, NOESY back-calculation
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Coles, M. / Chaubey, M. / Leo, J.C. / Linke, D. / Schuetz, M.C. / Goetz, F. / Autenrieth, I.B.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: The Intimin periplasmic domain mediates dimerisation and binding to peptidoglycan.
著者: Leo, J.C. / Oberhettinger, P. / Chaubey, M. / Schutz, M. / Kuhner, D. / Bertsche, U. / Schwarz, H. / Gotz, F. / Autenrieth, I.B. / Coles, M. / Linke, D.
履歴
登録2014年6月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intimin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5681
ポリマ－12,5681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 95structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Intimin / Attaching and effacing protein / Eae protein


分子量: 12568.167 Da / 分子数: 1 / 断片: LysM region (UNP residues 39-143) / 変異: A39M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eae, eaeA, E2348C_3939 / プラスミド: pASK-IBA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19809

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D HNCO
1223D HNCA
1323D C(CO)NH
1423D HNCANNH
1523D (H)CCH-TOCSY
1623D H(CCO)NH
1713D 1H-15N NOESY
1823D 1H-13C NOESY
1923D CNH-NOESY
11013D NNH-NOESY
11123D CCH-NOESY
11212D 12C-filtered 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 15N] LysM, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] LysM, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMLysM-1[U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
150 mMsodium chloride-31
0.5 mMLysM-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-52
150 mMsodium chloride-62
試料状態イオン強度: 250 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMR-SPIRIT1.1In-house精密化
精密化手法: simulated annealing, NOESY back-calculation / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 47 / Protein other angle constraints total count: 168 / Protein phi angle constraints total count: 88 / Protein psi angle constraints total count: 49
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 95 / 登録したコンフォーマーの数: 23 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.07 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.09 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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