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万見
- PDB-2mpm: Structural Basis of Receptor Sulfotyrosine Recognition by a CC Ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mpm
タイトルStructural Basis of Receptor Sulfotyrosine Recognition by a CC Chemokine: the N-terminal Region of CCR3 Bound to CCL11/Eotaxin-1
要素
  • CCR3
  • Eotaxin
キーワードCYTOKINE / Chemokine CCL11 / Chemokine Receptor CCR3 / Sulfopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-13 / CCR3 chemokine receptor binding / chronic inflammatory response / response to interleukin-4 / mast cell chemotaxis / mammary duct terminal end bud growth / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / branching involved in mammary gland duct morphogenesis ...response to interleukin-13 / CCR3 chemokine receptor binding / chronic inflammatory response / response to interleukin-4 / mast cell chemotaxis / mammary duct terminal end bud growth / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of actin filament polymerization / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell proliferation / cytoskeleton organization / actin filament organization / response to radiation / negative regulation of neurogenesis / response to virus / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / regulation of cell shape / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / learning or memory / protein phosphorylation / protein dimerization activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / receptor ligand activity / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Millard, C.J. / Ludeman, J.P. / Canals, M. / Bridgford, J.L. / Hinds, M.G. / Clayton, D.J. / Christopoulos, A. / Payne, R.J. / Stone, M.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Receptor Sulfotyrosine Recognition by a CC Chemokine: The N-Terminal Region of CCR3 Bound to CCL11/Eotaxin-1.
著者: Millard, C.J. / Ludeman, J.P. / Canals, M. / Bridgford, J.L. / Hinds, M.G. / Clayton, D.J. / Christopoulos, A. / Payne, R.J. / Stone, M.J.
履歴
登録2014年5月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eotaxin
B: CCR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3212
ポリマ－10,3212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 64structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Eotaxin / C-C motif chemokine 11 / Eosinophil chemotactic protein / Small-inducible cytokine A11


分子量: 8380.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL11, SCYA11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51671
#2: タンパク質・ペプチド CCR3


分子量: 1940.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Sulfopeptide / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
Has protein modificationY
由来についての詳細EOTAXIN-1/CCL11 GROWN IN MINIMAL MEDIA FOR >99.8% INCORPORATION OF 13C AND 15N

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
2212D 1H-13C HSQC
3312D 1H-13C HSQC aliphatic
4412D 1H-13C HSQC aromatic
5512D 1H-1H TOCSY
6612D 1H-1H NOESY
7713D CBCA(CO)NH
8813D C(CO)NH
9913D HN(CA)CB
101013D HBHA(CO)NH
111113D H(CCO)NH
121213D (H)CCH-TOCSY
131313D 1H-15N NOESY
141413D 1H-15N TOCSY
151513D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.2-0.4 MM [U-100% 13C, U-100% 15N] CCL11/EOTAXIN-1, 0.2-0.4 MM CCR3 SU1617 SULFOPEPTIDE, 95% V/V H2O, 5% V/V [U-100% 2H] D2O, 20 MM [U-100% 2H] SODIUM ACETATE-D6, 0.02% V/V SODIUM AZIDE, 20 ...内容: 0.2-0.4 MM [U-100% 13C, U-100% 15N] CCL11/EOTAXIN-1, 0.2-0.4 MM CCR3 SU1617 SULFOPEPTIDE, 95% V/V H2O, 5% V/V [U-100% 2H] D2O, 20 MM [U-100% 2H] SODIUM ACETATE-D6, 0.02% V/V SODIUM AZIDE, 20 UM DSS, 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMCCL11/Eotaxin-1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.2-0.41
mMCCR3 Su1617 sulfopeptide-20.2-0.41
95 %H2O-31
5 %D2O-4[U-100% 2H]1
20 mMsodium acetate-d6-5[U-100% 2H]1
0.02 %sodium azide-61
20 uMDSS-71
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE2

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR_NIH 2.32, AQUA, PROCHECKNMRPROCHECKNMRSCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ精密化
TopSpin3.1構造決定
Sparky3.92構造決定
CYANA2.1構造決定
CANDID2.1構造決定
TALOS構造決定
X-PLOR NIH2.32構造決定
AQUA構造決定
PROCHECKNMR構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1135 / NOE intraresidue total count: 276 / NOE long range total count: 368 / NOE medium range total count: 181 / NOE sequential total count: 255 / Hydrogen bond constraints total count: 22 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 29 / Protein psi angle constraints total count: 29
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 64 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.019 Å / Distance rms dev error: 0.003 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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