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万見
- PDB-2mpa: BACTERICIDAL ANTIBODY AGAINST NEISSERIA MENINGITIDIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mpa
タイトルBACTERICIDAL ANTIBODY AGAINST NEISSERIA MENINGITIDIS
要素
  • CONJUGATE OF PORA P1.16 PEPTIDE WITH FLUORESCEIN
  • MN12H2 IGG2A-KAPPA, light chain
  • MN12H2 IGG2A-KAPPA,heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MURINE IMMUNOGLOBULIN IGG2A KAPPA / BACTERICIDAL ANTIBODY / EPITOPE P1.16 OF PORA FROM NEISSERIA MENINGITIDIS / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-PEPTIDE)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / porin activity / pore complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / B cell differentiation / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, Neisseria sp. type / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / : / Porin domain superfamily / : ...Porin, Neisseria sp. type / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / : / Porin domain superfamily / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / If kappa light chain / Major outer membrane protein P.IA / Immunoglobulin kappa constant / Ig heavy chain Mem5 / Ighg protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Van Den Elsen, J.M.H. / Herron, J.N. / Kroon, J. / Gros, P.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Bactericidal antibody recognition of a PorA epitope of Neisseria meningitidis: crystal structure of a Fab fragment in complex with a fluorescein-conjugated peptide.
著者: van den Elsen, J.M. / Herron, J.N. / Hoogerhout, P. / Poolman, J.T. / Boel, E. / Logtenberg, T. / Wilting, J. / Crommelin, D.J. / Kroon, J. / Gros, P.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Bactericidal Antibody Recognition of Meningococcal Pora by Induced Fit: Comparison of Liganded and Unliganded Fab Structures
著者: van den Elsen, J. / Vandeputte-Rutten, L. / Kroon, J. / Gros, P.
履歴
登録1999年6月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.42017年5月31日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: MN12H2 IGG2A-KAPPA, light chain
H: MN12H2 IGG2A-KAPPA,heavy chain
P: CONJUGATE OF PORA P1.16 PEPTIDE WITH FLUORESCEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1044
ポリマ－49,9923
非ポリマー1121
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.680, 69.100, 72.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.01, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 MN12H2 IGG2A-KAPPA, light chain


分子量: 24122.861 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: B-LYMPHOCYTE HYBRIDOMA / 細胞株: MN12H2 MURINE-MURINE HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01837, UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 MN12H2 IGG2A-KAPPA,heavy chain


分子量: 24415.350 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: B-LYMPHOCYTE HYBRIDOMA / 細胞株: MN12H2 MURINE-MURINE HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P84751, UniProt: Q569X1*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド CONJUGATE OF PORA P1.16 PEPTIDE WITH FLUORESCEIN / P1.16 / AC-TKDTNNNLC(FLUORESCEIN)-NH2


分子量: 1453.509 Da / 分子数: 1
断片: APEX OF EXTRACELLULAR LOOP 4 (VR2) OF PORA, RESIDUES 180 - 187
由来タイプ: 合成
詳細: SEQUENCE FROM NEISSERIA MENINGITIDIS (MENINGOCOCCUS), STRAIN: H44/76, VARIANT: P1.16;
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: E6MXW0*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CD: THIS PUTATIVE CADMIUM ION IS ASSIGNED TO A 6 SIGMA DENSITY PEAK IN A 2|FO|-|FC| MAP; IT IS ...CD: THIS PUTATIVE CADMIUM ION IS ASSIGNED TO A 6 SIGMA DENSITY PEAK IN A 2|FO|-|FC| MAP; IT IS COORDINATED BY TWO WATER MOLECULES AND AN IMIDAZOLIUM NITROGEN OF HIS-L98 OF MN12H2.
配列の詳細REFERENCE: THE MN12H2 LIGHT CHAIN AMINO ACID SEQUENCE IS DEDUCED FROM THE GENBANK U60442 NUCLEOTIDE ...REFERENCE: THE MN12H2 LIGHT CHAIN AMINO ACID SEQUENCE IS DEDUCED FROM THE GENBANK U60442 NUCLEOTIDE SEQUENCE OF THE MN12H2 VARIABLE LIGHT DOMAIN. AMINO ACID SEQUENCES FOR THE CONSTANT DOMAINS WERE TAKEN FROM IGG2A KAPPA ANTIBODY 4-4-20 (BEDZYK ET AL. (1989) J.BIOL.CHEM., 265, P. 18615).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: THE MN12H2 FAB PEPTIDE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 15% W/V PEG 20000, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 20 MM CDCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 15404 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HFL

2hfl
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→20 Å / Data cutoff high rms absF: 100000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1397 9.09 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 14183 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.7 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.116 Å20 Å2-18.404 Å2
2--9.264 Å20 Å2
3----3.147 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.36 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 1 51 3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.533
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.49
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.21
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.582
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.4043 163
Rwork0.3448 1133
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CAMI.PARCAMI.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NACE.PARNACE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SPEP.PAR, FLU.PAR, CD.PARSPEP.TOP, FLU.TOP, CD.TOP, H20.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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