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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mp8 | ||||||
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タイトル | NMR structure of NKR-5-3B | ||||||
要素 | NKR-5-3B | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / bacteriocin / antimicrobial peptide / head-to-tail cyclic / helix bundle | ||||||
機能・相同性 | Bacteriocin AS-48 / Bacteriocin AS-48 / Circular bacteriocin / Bacteriocin class IId cyclical uberolysin-like / Bacteriocin As-48; Chain A / membrane => GO:0016020 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Nkr-5-3b 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Rosengren, K.J. / Craik, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Identification, Characterization, and Three-Dimensional Structure of the Novel Circular Bacteriocin, Enterocin NKR-5-3B, from Enterococcus faecium 著者: Himeno, K. / Rosengren, K.J. / Inoue, T. / Perez, R.H. / Colgrave, M.L. / Lee, H.S. / Chan, L.Y. / Henriques, S.T. / Fujita, K. / Ishibashi, N. / Zendo, T. / Wilaipun, P. / Nakayama, J. / ...著者: Himeno, K. / Rosengren, K.J. / Inoue, T. / Perez, R.H. / Colgrave, M.L. / Lee, H.S. / Chan, L.Y. / Henriques, S.T. / Fujita, K. / Ishibashi, N. / Zendo, T. / Wilaipun, P. / Nakayama, J. / Leelawatcharamas, V. / Jikuya, H. / Craik, D.J. / Sonomoto, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mp8.cif.gz | 354.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mp8.ent.gz | 311 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mp8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mp8_validation.pdf.gz | 385.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mp8_full_validation.pdf.gz | 459.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mp8_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mp8_validation.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/2mp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/2mp8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6340.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: NKR-5-3 / 参照: UniProt: A0A0M3KKS4*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: NMR structure of a circular bacteriocin from Enterococcus faecium | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Structures generated by torsion angel dynamics and refined in explicit water using cartesian dynamics. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1048 / NOE intraresidue total count: 297 / NOE long range total count: 183 / NOE medium range total count: 294 / NOE sequential total count: 274 / Hydrogen bond constraints total count: 96 / Protein chi angle constraints total count: 28 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.3 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.176 Å / 代表コンフォーマー: 1 |