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万見
- PDB-2mp0: Protein Phosphorylation upon a Fleeting Encounter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mp0
タイトルProtein Phosphorylation upon a Fleeting Encounter
要素
  • Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
  • Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / EIN EIIAGlc complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of carbohydrate metabolic process / regulation of carbohydrate utilization / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity ...negative regulation of carbohydrate metabolic process / regulation of carbohydrate utilization / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PtsI, HPr-binding domain / : / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Phosphotransferase system, enzyme I / : / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal ...PtsI, HPr-binding domain / : / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Phosphotransferase system, enzyme I / : / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / Phosphohistidine domain / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Duplicated hybrid motif / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Glucose Oxidase; domain 1 / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Distorted Sandwich / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHITE ION / Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / PTS system glucose-specific EIIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Xing, Q. / Yang, J. / Huang, P. / Zhang, W. / Tang, C.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Visualizing an ultra-weak protein-protein interaction in phosphorylation signaling.
著者: Xing, Q. / Huang, P. / Yang, J. / Sun, J.Q. / Gong, Z. / Dong, X. / Guo, D.C. / Chen, S.M. / Yang, Y.H. / Wang, Y. / Yang, M.H. / Yi, M. / Ding, Y.M. / Liu, M.L. / Zhang, W.P. / Tang, C.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Visualizing an Ultra-Weak Protein-Protein Interaction in Phosphorylation Signaling
著者: Xing, Q. / Huang, P. / Yang, J. / Sun, J. / Gong, Z. / Dong, X. / Guo, D. / Chen, S. / Yang, Y. / Wang, Y. / Yang, M. / Yi, M. / Ding, Y. / Liu, M. / Zhang, W. / Tang, C.
履歴
登録2014年5月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
B: Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4453
ポリマ－46,3662
非ポリマー791
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 90structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / Phosphotransferase system / enzyme I


分子量: 28224.121 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Domain, residues 1-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ptsI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): G1698
参照: UniProt: P08839, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
#2: タンパク質 Glucose-specific phosphotransferase enzyme IIA component / EIIA-Glc / EIII-Glc / PTS system glucose-specific EIIA component


分子量: 18141.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: crr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69783, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#3: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト


分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 15N] N-terminal Domain of Enzyme I-1, 0.5 mM [U-99% 15N] Enzyme II of Glucose-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21-14 mM [U-100% 1H; U-100% 12C; U-99%1 5N] N-terminal Domain of Enzyme I-3, 1-14 mM [U-99% 15N] EIN EIIAGlc-4, 1-14 mM EIN-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.4-1.5 mM [U-100% 2H; U-100% 12C; U-99% 15N] N-terminal Domain of Enzyme I-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.5 mMN-terminal Domain of Enzyme I-1[U-99% 15N]1
0.5 mMEnzyme II of Glucose-2[U-99% 15N]1
mMN-terminal Domain of Enzyme I-3[U-100% 1H; U-100% 12C; U-99%1 5N]1-142
mMEIN EIIAGlc-4[U-99% 15N]1-142
mMEIN-51-142
mMN-terminal Domain of Enzyme I-6[U-100% 2H; U-100% 12C; U-99% 15N]1.4-1.53
試料状態pH: 7.4 / 温度: 313.4 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
PIPP3.5.6 to 3.9.9Delaglio, Zhengrong and Baxchemical shift assignment
PIPP3.5.6 to 3.9.9Delaglio, Zhengrong and Baxデータ解析
NMRPipe1.xDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
NMRPipe精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 1 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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