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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2moe | ||||||
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タイトル | Solution structure of MBD4 methyl-cytosine binding domain bound to methylated DNA | ||||||
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![]() | Hydrolase/DNA / PROTEIN/DNA / Methylated DNA / Hydrolase-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() satellite DNA binding / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA endonuclease activity / response to estradiol ...satellite DNA binding / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA endonuclease activity / response to estradiol / nuclear speck / DNA repair / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
![]() | Williams, D.C. / Walavalkar, N.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structure and intramolecular exchange of methyl-cytosine binding domain protein 4 (MBD4) on DNA suggests a mechanism to scan for mCpG/TpG mismatches. 著者: Walavalkar, N.M. / Cramer, J.M. / Buchwald, W.A. / Scarsdale, J.N. / Williams, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 709.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 592.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 568 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 789.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8088.242 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 80-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: O95243, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3075.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MBD4mbd |
#3: DNA鎖 | 分子量: 3044.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNArev |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |