PDB-2mnh: Refined structure of outer membrane protein x in nanodisc by meas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mnh

タイトル

Refined structure of outer membrane protein x in nanodisc by measuring residual dipolar couplings

要素

Outer membrane protein X

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / BETA BARREL / RESIDUAL DIPOLAR COUPLING / NANODISC / OMPX

機能・相同性

機能・相同性情報

host outer membrane / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

fewest violations, model1

データ登録者

Bibow, S. / Carneiro, M.G. / Sabo, T.M. / Schwiegk, C. / Becker, S. / Riek, R. / Lee, D.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Measuring membrane protein bond orientations in nanodiscs via residual dipolar couplings.
著者: Bibow, S. / Carneiro, M.G. / Sabo, T.M. / Schwiegk, C. / Becker, S. / Riek, R. / Lee, D.

履歴

登録	2014年4月5日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mnh.cif.gz	406.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mnh.ent.gz	339.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mnh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mnh_validation.pdf.gz	404.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mnh_full_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示
XML形式データ	2mnh_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	2mnh_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/2mnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/2mnh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ewi-1 4giv-2 4iqc-d 2af0-d 4fn2-1 4gej-8 5cyb-1 3nfk-3 5v8t-2 5klx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19892

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane protein X

16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Outer membrane protein X 分子量: 16371.768 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 24-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: B0814, BN896_0667, JW0799, ompX, YBIG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: U6N4S7, UniProt: P0A917*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 1H-15N NOESY
1	2	1	3D HNCA
1	3	1	2D 1H-15N HSQC
1	4	1	2D 1H-15N COCAINE

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] OUTER MEMBRANE PROTEIN X, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.5 mM / 構成要素: OUTER MEMBRANE PROTEIN X-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 100 / pH: 7.4 / 圧: AMBIENT / 温度: 318 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: BRUKER AVANCE I and AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR NIH	SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ	精密化
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	構造決定
TopSpin	Bruker Biospin	構造決定
Sparky	Goddard	構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 58 / Hydrogen bond constraints total count: 85 / Protein phi angle constraints total count: 97 / Protein psi angle constraints total count: 97

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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