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万見
- PDB-2mn5: NMR structure of Copsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mn5
タイトルNMR structure of Copsin
要素Copsin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Antibiotic and Antimicrobial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #140 / Fungal defensin Copsin / Fungal defensin Copsin / Extracellular membrane protein, CFEM domain / CFEM domain / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular membrane protein CFEM domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Hofmann, D. / Wider, G. / Essig, A. / Aebi, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Copsin, a Novel Peptide-based Fungal Antibiotic Interfering with the Peptidoglycan Synthesis.
著者: Essig, A. / Hofmann, D. / Munch, D. / Gayathri, S. / Kunzler, M. / Kallio, P.T. / Sahl, H.G. / Wider, G. / Schneider, T. / Aebi, M.
履歴
登録2014年3月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22015年1月7日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_nmr_software ...entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0851
ポリマ－6,0851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Copsin


分子量: 6085.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (菌類) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: D6RKI7*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H TOCSY
1422D DQF-COSY
1522D 1H-1H NOESY
1623D 1H-15N TOCSY
1723D HN(CO)CA
1823D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11012D 1H-1H NOESY
11113D HNCO
21222D 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: the structure calculation was performed using 2D and 3D noesy experiments, including hydrogen bonds determined by long range HNCO spectra

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
220 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMsodium phosphate-11
50 mMsodium chloride-21
20 mMsodium phosphate-32
50 mMsodium chloride-42
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1706.8ambient 293 K
2707.4ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ProcheckNMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonデータ解析
XEASY1.8.4Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.8.4Bartels et al.peak picking
TopSpin3Bruker Biospincollection
TALOStalos+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 823 / NOE intraresidue total count: 223 / NOE long range total count: 230 / NOE medium range total count: 126 / NOE sequential total count: 236
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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