+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mn5 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of Copsin | |||||||||
![]() | Copsin | |||||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Antibiotic and Antimicrobial protein | |||||||||
機能・相同性 | Defensin A-like - #140 / Fungal defensin Copsin / Fungal defensin Copsin / Extracellular membrane protein, CFEM domain / CFEM domain / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
Model details | lowest energy, model1 | |||||||||
![]() | Hofmann, D. / Wider, G. / Essig, A. / Aebi, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Copsin, a Novel Peptide-based Fungal Antibiotic Interfering with the Peptidoglycan Synthesis. 著者: Essig, A. / Hofmann, D. / Munch, D. / Gayathri, S. / Kunzler, M. / Kallio, P.T. / Sahl, H.G. / Wider, G. / Schneider, T. / Aebi, M. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 311.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 270 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 432.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6085.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: the structure calculation was performed using 2D and 3D noesy experiments, including hydrogen bonds determined by long range HNCO spectra |
-
試料調製
詳細 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| |||||||||||||||
試料状態 |
|
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 823 / NOE intraresidue total count: 223 / NOE long range total count: 230 / NOE medium range total count: 126 / NOE sequential total count: 236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |